Stage M2 analyse de données
Stage · Stage M2 · 6 mois (renouvelable) Bac+5 / Master UMR7216 - EDC · Paris (France) Gratification de stage
Date de prise de poste : 3 janvier 2022
Mots-Clés
chromatine, épigénétique, inactivation du chromosome X, séquençage
Description
Titre du projet : Caractérisation du paysage chromatinien du chromosome X chez les primates.
Au sein du laboratoire Epigénétique et Destin Cellulaire, l’équipe de Claire Rougeulle s’intéresse à l’inactivation du chromosome X chez la souris, l’humain et d’autres primates. L’inactivation du chromosome X chez la femelle est un processus qui permet de compenser la dose des transcrits exprimés depuis le chromosome X entre les mâles et les femelles. Le principal régulateur de ce phénomène est le long ARN non codant XIST qui recouvre en cis le futur X inactif et induit son extinction transcriptionnelle via des remodelages de la chromatine, comme le dépôt de modifications d’histones répressives. Après des décennies d’études chez la souris, les recherches menées sur d’autres mammifères ont révélé que ce processus essentiel repose sur des mécanismes très variables entre les espèces. Cela souligne le besoin de caractériser finement le statut du chromosome X dans des espèces proches (humain, chimpanzé, macaque rhésus). Nous disposons au laboratoire de différents types de cellules ES pluripotentes mimant les changements qui ont lieu lors du développement embryonnaire. Les cellules ES naïves récapitulent un stade embryonnaire préimplantatoire lors duquel l’inactivation du chromosome X n’a pas encore eu lieu. Les cellules dites amorcées, quant à elles, récapitulent un stade embryonnaire post-implantatoire et possèdent un chromosome X inactif et un chromosome X actif.
Ce projet est basé sur l’analyse de 6 modifications d’histones (H3K4me3, H3K27ac, H3K4me1, H3K27me3, H3K9me3 et H2AK119Ub) et nous nous proposons de (i) explorer le paysage chromatinien du chromosome X chez différents primates, (ii) connecter l’état chromatinien des chromosomes X aux différents états pluripotents (naïf et amorcé) et (iii) examiner le degré de conservation du paysage chromatinien entre les primates. Pour cela nous utiliserons des données de CUT & RUN (Cleavage Under Targets and Release Using Nuclease) obtenues au laboratoire.
La technique du CUT & RUN est une méthode récente pour analyser la liaison de facteurs de transcription ou d’histones spécifiques à l’ADN génomique. Nouvellement implémentée au laboratoire, cette méthode, plus sensible et plus précise que le ChIP-seq, nécessite des outils adaptés pour tirer le meilleur parti des données obtenues.
Au sein de la plateforme BiBs (Bioinformatique et Biostatistiques) du laboratoire Epigénétique et Destin Cellulaire, nous développons des pipelines pour rendre les analyses bioinformatiques plus reproductibles et accessibles au plus grand nombre. L’étudiant testera différents outils afin de choisir le ou les plus adaptés puis développera un pipeline Snakemake en s’appuyant sur les pipelines de la plateforme. Les tests seront effectués sur des données publiées et, après validation, le pipeline sera utilisé sur les données du laboratoire pour répondre à la question biologique. L’étudiant travaillera sur un cluster de calcul (iPOP-UP et/ou IFB).
Une poursuite en thèse ou avec un contrat d’ingénieur est envisageable à la fin du stage si celui-ci se déroule bien. Nous disposons en effet également de données de RNA-seq, de RAP-seq et de Hi-C dont les analyses croisées devraient nous permettre de décortiquer très finement les mécanismes mis en jeu dans l’inactivation du chromosome X.
Candidature
Procédure : Envoyer un mail à magali.hennion@u-paris.fr avec CV et lettre de motivation.
Date limite : 12 novembre 2021
Contacts
Magali Hennion
maNOSPAMgali.hennion@u-paris.fr
Offre publiée le 21 octobre 2021, affichage jusqu'au 19 novembre 2021