Mots-Clés

single-cell analysis, pipeline, analyse primaire genomique, sequencage NGS

Description

L’ingénieur.e d’études en bioinformatique aura la charge d’organiser, automatiser et exécuter des pipelines d’analyses primaires de données transcriptomiques (bulk et single cell) pour les équipes de recherche du Labex IGO (https://labexigo.univ-nantes.fr). Il.Elle s’assurera de la maintenance et la mise à jour des algorithmes et des scripts. Il.Elle travaillera en étroite collaboration avec les équipes de recherche du LabEx IGO pour ajuster et affiner les analyses aux besoins des différents projets. Il.Elle contribuera aussi à guider des étudiants dans les analyses bioinformatiques secondaires à l’aide d’un portfolio de méthodes d’analyses en cours de développement au sein du CRTI. Enfin, il.elle contribuera à la croissance et la diffusion du portfolio au cours de son contrat. Une évolution du poste vers des projets de développement bioinformatique (benchmarking, analyses secondaires, autres données à grande échelle) et/ou vers des responsabilités d’encadrement sera envisagée en fonction de l’autonomie du.de la candidat.e.

Le LabEx IGO (https://labexigo.univ-nantes.fr) a été labellisé en 2012 dans le cadre des Programmes d’Investissements d'Avenir (PIA) et bénéficie d’un financement de l’ANR jusqu’en 2024. Le LabEx IGO a pour objectif de favoriser les projets transdisciplinaires entre des équipes aux expertises complémentaires en transplantation et immunologie tumorale, auto-immunité, inflammation et radio-immunothérapie, ceci afin de développer de nouvelles immunothérapies. Le LabEx IGO rassemble environ 400 personnes (scientifiques, étudiants, personnels techniques) issues de 15 équipes de recherche réparties dans 4 unités de recherche académique (CRCINA-UMR1232, CRTI-UMR1064, MICMAC-UMR1236, LBAI-UMR1227) du Grand Ouest français (Nantes, Angers, Rennes, Brest). Ce poste répond à la demande croissante d’analyse de données à grande échelle des équipes de recherche du LabEx IGO et une nécessité de structurer les premières étapes d’analyse de ces données. L’ingénieur.e d’études en bioinformatique sera intégré.e à la plateforme ‘single cell’ du CRTI UMR 1064 (http://crti.univ-nantes.fr/) à Nantes et sera accompagné.e par le personnel déjà en charge des analyses.

ACTIVITES PRINCIPALE S • Mettre en place des pipelines d’analyses primaires de données transcriptomiques à partir des outils de l’état de l’art ; • Réaliser les analyses primaires issue des projets produits par la plateforme ‘single cell’ au CRTI en étroite collaboration avec les meneurs de projets ; • Assurer une veille technologique des outils d’analyses ; • Stocker, actualiser et maintenir les scripts/données/résultats.