M2: Jupyter Notebooks pour l’analyse bioinformatique et biostatistique de données omiques

 Stage · Stage M2  · 6 mois    Bac+5 / Master   CEA Grenoble · Grenoble (France)

 Date de prise de poste : 7 février 2022

Mots-Clés

Multi-omique Bioinformatique Biostatistique Jupyter Notebooks Open science

Description

Offre: Stage Master 2 Bioinformatique (CEA, Grenoble)

Sujet: Développement de Jupyter Notebooks pour l’analyse bioinformatique et biostatistique de données omiques.

Contexte: Le CEA Grenoble a mis en place une infrastructure JupyterHub (https://jupyter.org/hub) capable de mettre la puissance des Notebooks entre les mains des chercheurs et étudiants chercheurs. Cet environnement de travail mutualisé permet aux Data scientists et aux Biologistes d’effectuer leurs explorations de données sur des ressources partagées. Ce changement de paradigme permet une recherche reproductible en accord avec les principes FAIR et l’Open science.

Objectif: Les objectifs sur lesquels travaillera le/la stagiaire recruté(e) sont triples : (i) Participer au développement de notebooks pour l’analyse bioinformatique et statistique de données omiques. (ii) Réaliser un recueil de besoins, en analyse statistique et visualisation de données, partagés entre des équipes de recherche. Prioriser ces besoins et développer les notebooks adaptés. (iii) Mettre en place du support de documentation et des sessions de formation pour les utilisateurs des notebooks.

Déroulement du stage: Le stage se déroulera au sein de l’environnement de travail multidisciplinaire du laboratoire Biosanté (UMR1292, INSERM-CEA-UGA). Dans son travail quotidien, le/la stagiaire intéragira avec des bioinformaticiens et des biologistes. Il/elle pourra également bénéficier de conseils en informatique, pour bien intégrer les notebooks sur l’infrastructure JupyterHub, et dans les bonnes pratiques associées à l’Open science (https://www.fosteropenscience.eu/) (recherche reproductible, principes FAIR). Le/la stagiaire acquiera au cours de ce stage de l’expérience dans l’analyse bioinformatique des données multi-omiques, dans les bonnes pratiques de développement de Notebooks Jupyter, et dans les bonnes pratiques associées à l’Open science. Il/elle retirera également de l’expérience dans l’organisation et la réalisation de formations destinées aux chercheurs et étudiants chercheurs.

Laboratoire d’accueil: Le stage se déroulera dans le service BCI du laboratoire Biosanté (UMR2192, INSERM-UGA-CEA, https://biosante-lab.fr/Pages/Presentation.aspx) de l’Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG) du CEA Grenoble. Il/elle pourra bénéficier d’une infrastructure de calcul performante pour réaliser ses développements bioinformatiques et ses analyses de données.

Profil de candidat souhaité:

Connaissance des données omiques

Expérience en bioinformatique

  • language de programmation Python/R
  • unix en ligne de commande
  • traitement, exploration et visualisation de données omiques
  • statistique

Aptitude professionnelle

  • capacité à travailler en équipe et à interagir avec d’autres étudiants, ingénieurs et chercheurs 
  • rigueur et organisation
  • intérêt pour l’Open science et les principes FAIR

Publications de référence:

  • Kluyver T et al. and Jupyter development team. Jupyter Notebooks – a publishing format for reproducible computational workflows. In Positioning and Power in Academic Publishing: Players, Agents and Agendas. IOS Press. pp. 87-90. 2016. doi: 10.3233/978-1-61499-649-1-87.
  • Clarke DJB et al. Appyters: Turning Jupyter Notebooks into data-driven web apps. Patterns (N Y). 2021 Mar 4;2(3):100213. doi: 10.1016/j.patter.2021.100213.
  • Jupyter et al. Binder 2.0 - Reproducible, Interactive, Sharable Environments for Science at Scale. Proceedings of the 17th Python in Science Conference. 2018. doi: 10.25080/Majora-4af1f417-011 
  • Wilkinson MD et al. The FAIR Guiding Principles for scientific data management and stewardship. Sci Data. 2016 Mar 15;3:160018. doi: 10.1038/sdata.2016.18.

Nature du contrat proposé: Stage M2 en bioinformatique ou de fin d’étude d’ingénieur de 6 mois à partir de Février 2022. Merci d’envoyer un CV, une lettre de motivation ainsi que le nom d’un référent à christophe.battail@cea.fr.


Candidature

Procédure : Merci d’envoyer un CV, une lettre de motivation ainsi que le nom d’un référent à christophe.battail@cea.fr.

Date limite : 3 janvier 2022

Contacts

Christophe Battail

 chNOSPAMristophe.battail@cea.fr

Offre publiée le 29 octobre 2021, affichage jusqu'au 3 janvier 2022