Ingénieur(e) en bioinformatique, analyse de données RNA-Seq

 CDD · Ingénieur autre  · 12 mois (renouvelable)    Bac+4   Institut de Recherche Vaccinal (VRI) -INSERM U955 · Créteil (France)  A discuter

 Date de prise de poste : 1 février 2021

Mots-Clés

Analyse données NGS, Single cell, analyse des pathways

Description

Description du projet :

Le projet global de l’Institut de Recherche Vaccinal (VRI) porte sur le développement d’un vaccin contre le VIH mais aussi contre les infections émergeantes comme Ebola, SarsCoV-2, Nipah. Le VRI (Labex 2011-2024) est soutenu par plusieurs organismes de recherche institutionnels. Le VRI est constitué d’un ensemble d’équipes de recherches et de plateformes technologiques de recherche en immuno-monitoring, protéomique, vecteurs viraux et ciblage des cellules dendritiques et génomique. Toutes ces structures sont intégrées dans tous les projets développés au sein de l’institut. Le poste est destiné à la plateforme de génomique qui est impliquée dans d’important projets nationaux et européens. Dans ces projets nous utilisons la transcriptomique pour mieux comprendre les mécanismes induits par les réponses immunes vaccinales ainsi que pour rechercher des corrélats de protection et de biomarqueurs.

Missions principales :

- Analyse de données RNA-seq et single cell (10X Genomics).

- Participation à toutes les étapes de progression et valorisation des différents projets portés par l’institut. Activités : -Définir les méthodes d’analyses adaptées aux projets (modèles statistiques).

- Appliquer des procédures de traitement automatisées sous R (contrôles qualités, normalisation des données, alignement, analyse différentielle et analyse des pathways…) des données NGS.

- Travailler étroitement avec les différentes personnes impliquées dans les projets et participer à la valorisation des résultats (présentation et rédaction).

Profil du candidat :

- Connaissance de l’environnement Linux.

- Connaissance solide de R.

- Bonne expérience dans l'étude de données génomiques et transcriptomiques.

- Bonne capacité d'organisation et de travail en équipe.

Candidature

Procédure : Envoyer un mail à : hakim.hocini@inserm.fr

Date limite : None

Contacts

Dr Hakim Hocini

 haNOSPAMkim.hocini@inserm.fr

Offre publiée le 13 novembre 2021, affichage jusqu'au 11 janvier 2022