Mots-Clés

#variant analysis #nextflow #pipeline #forward genetics

Description

Améliorations des performances et de l’utilisabilité d’outils d’analyse de variants génomiques.

Nous avons déjà mis au point un pipeline sous nextflow qui correspond à une utilisation expérimentale concrète: identifier les variations génomiques spécifiques à un échantillon, en parallélisant l’analyse de nombreux échantillons. Nous voudrions d’abord déployer et tester cet outil pour analyser des lignées mutantes issus d’un crible de mutagenèse chez Physcomitrium patens.
L’objectif du stage est d’améliorer cet outil pour qu’il soit utilisable dans ce projet de mutagenèse à la fin du travail.

Démarrage du stage flexible entre mi-janvier et mi-février.