Mots-Clés

métagénomes, MAG, tapis microbiens

Description

Les microorganismes peuplant les océans présentent une très grande diversité qui reste aujourd’hui encore mal connue. Ils sont à l’origine de l’essentiel de l’activité biologique de l’océan mondial. A leur diversité taxonomique est associée une remarquable diversité fonctionnelle qui leur a permis de coloniser toutes les niches écologiques marines, et qui leur donne un rôle clef dans tous les cycles biogéochimiques de la planète. Les caractéristiques physico-chimiques des biotopes dans lesquels ces microorganismes se développent (température, salinité, pression hydrostatique, concentration en métal) les rendent particulièrement intéressants dans le cadre de leur utilisation dans des procédés biotechnologiques. Le but de ce programme est de caractériser par des approches métagénomiques et culturales des microorganismes possédant des activités de résistances aux métaux et/ou réduction qui pourront être valorisées à des fins biotechnologiques. Ce programme est développé avec la société Proteus by Seqens (Nîmes). Ces analyses métagénomiques seront effectuées sur des échantillons de tapis microbiens riches en oxyde de fer prélevés au niveau du plancher océanique sur 2 sites distincts (Atlantique et Méditerranée). Les séquences de métagénome obtenues seront réassemblées afin de reconstruire les génomes des microorganismes d’origine (data de type MAGs). La personne recrutée sera en charge des analyses bioinformatiques pour le traitement des données métagénomiques pour une durée de 2 ans. Elle effectuera sa mission au sein de l’équipe MEB du MIO à Marseille avec des interactions étroites avec Proteus pouvant nécessiter des missions sur le site de l’entreprise.

L’équipe Microbiologie Environnementale et Biotechnologie (MEB) est une équipe disciplinaire du MIO dont les activités sont centrées sur la compréhension du compartiment microbien dans le fonctionnement des écosystèmes marins. Elle est composée de 30 chercheurs et enseignants-chercheurs statutaires, huit ingénieurs et techniciens ainsi que de plus de vingt chercheurs, ingénieurs sous contrats et étudiants en thèse et Master II. Les différents sujets de recherche sont développés via des approches variées allant de l’isolement, la culture et la caractérisation physiologique de microorganismes procaryotes, à l’analyse de la biodiversité qualitative et fonctionnelle d’environnements marins par des techniques « omiques ». Ses recherches s’appuient sur les plateformes techniques du MIO dont la plateforme OMICS dédiée à l’analyse de la biodiversité microbienne.

Le profil que nous recherchons

La personne recrutée devra posséder un Master II ou un Doctorat obtenu depuis moins de 2 ans (obtention du diplôme durant les années universitaires 2019-2020, 2020-2021 ou 2021-2022) avec des compétences en analyse bio-informatique et en bio-statistique. Elle devra avoir une expertise dans les diverses techniques de séquençage haut débit (Illumina, Nanopore…..), dans le traitement des données de séquençage haut-débit (normalisation, assemblage, annotation fonctionnelle) et reconstruction des génomes (MAGs).

Les candidatures, CV et lettre de motivation, doivent être envoyés à Dr. Céline Rommevaux (celine.rommevaux@mio.osupytheas.fr) et Dr. Alain Dolla (alain.dolla@mio.osupytheas.fr) au plus tard le 30 janvier 2022.