Mots-Clés
Métagénomique
Annotation de génomes
Découverte d’enzymes
Biodégradation des plastiques
Bioinformatique
Description
À propos du projet
BioPlastOmics est un projet international ambitieux financé dans le cadre du programme Biodiversa+, visant à explorer l’exceptionnelle biodiversité du Brésil pour proposer des solutions durables à la pollution plastique.
Notre objectif est d’identifier et caractériser des communautés microbiennes et des enzymes capables de dégrader les plastiques persistants (PE, PS, PET), en adoptant une approche intégrative combinant microbiologie, génomique environnementale, bioinformatique et caractérisation fonctionnelle expérimentale.
Le/la chercheur·se postdoctoral·e contribuera au Work Package 2 (WP2) : Analyses bioinformatiques des communautés microbiennes et des enzymes, en menant les analyses computationnelles pour découvrir et caractériser de nouvelles souches microbiennes et enzymes impliquées dans la dégradation des plastiques.
À propos du LABGeM
Vous rejoindrez l’équipe LABGeM (Laboratoire d’analyse Bioinformatique pour la Génomique et le Métabolisme) au Genoscope – CEA, un centre de recherche de renommée mondiale en génomique environnementale et bioinformatique.
LABGeM développe des outils et bases de données de pointe pour l’analyse des génomes microbiens, dont la plateforme MicroScope, largement utilisée (>7 000 comptes utilisateurs, >1 600 citations) pour l’annotation et la génomique comparative. L’équipe dispose de plus de 20 ans d’expertise en génomique microbienne, pangénomique, caractérisation des familles enzymatiques et analyse des réseaux métaboliques.
Missions principales
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Réaliser l’assemblage, l’annotation et l’analyse comparative de génomes et métagénomes issus d’environnements brésiliens contaminés par les plastiques
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Identifier les familles enzymatiques impliquées dans la dégradation des plastiques par analyses d’homologie de séquence, de contexte génomique et de structure
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Intégrer des données génomiques et protéomiques pour interpréter les résultats expérimentaux et orienter la sélection des enzymes pour des applications ultérieures
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Contribuer au développement de solutions innovantes fondées sur la nature pour atténuer la pollution par les microplastiques
Profil recherché
Doctorat en bioinformatique, biologie computationnelle, génomique microbienne ou domaine connexe, avec les compétences suivantes :
- Expérience en analyse de génomes/métagénomes microbiens : assemblage/binning, annotation et analyse comparative
- Expertise dans les bases de données et outils bioinformatiques pour l’annotation fonctionnelle et l’analyse structurale des familles protéiques
- Maîtrise des environnements Linux (cluster de calcul) et des langages de script (Python, R)
- Solide expérience de recherche et aptitude à travailler dans un environnement collaboratif et interdisciplinaire
Nous offrons
- Un environnement de recherche stimulant au Genoscope – CEA, un centre de référence en génomique environnementale et bioinformatique
- Accès à des infrastructures de séquençage et ressources computationnelles de pointe
- Collaboration étroite avec des partenaires internationaux au Brésil et en Espagne
- Opportunités de formation, participation à des conférences et valorisation scientifique