Société Française de Bioinformatique

Mots-Clés

informatique développement d'application Bioinformatique worflow

Description

Depuis sa création INRAE a une mission de collecte et de stockage de graines ou de gamètes afin de conserver un large échantillon de la diversité des variétés et des races d’intérêt agricole. Ces collections comportent des individus adaptés à différents environnements et peuvent donc être mises à profit pour identifier et apporter des caractères d’adaptation à des lignées ou des races actuelles pour les rendre plus résilientes aux grands changements en cours. Même si ce matériel est conservé, l’institut ne dispose souvent pas d’une connaissance fine de ces caractères. Les technologies de séquençage rendent aujourd’hui possible l’amélioration de cette connaissance fine par la caractérisation des collections d’intérêt au niveau génomique.
Le projet auquel vous serez associé.e a pour objectif de développer et de mettre en œuvre des outils/workflows permettant la prise en charge d’une partie des analyses de grandes quantité de séquences de génomes de plusieurs variétés végétales et races animales. Ces données existent ou sont en cours de production dans le cadre d’un projet financé par le PEPR Agroécologie et Numérique (ANR, France 2030). Les analyses portent sur l’assemblage et l’annotation de génomes et la construction et l’exploitation de graphes de pangénomes.
Vous intégrerez la structure en charge des analyses. Cette structure est pilotée par des chercheurs et ingénieurs de trois départements dont les thématiques sont : Génétique, Diversité et Écophysiologie des Céréales, Diversité, Evolution et génomique des Interactions biotiques, Mathématiques et Informatique Appliquées. Votre activité au sein de cette équipe concernera plus spécifiquement le développement et l’évolution des outils d’analyse.
Vous contribuerez à l’analyse fonctionnelle, la conception technique, le codage, la mise au point et la documentation des programmes informatiques auxquels vous serez associé.e. Vous serez accueilli.e dans le laboratoire MIA-T à Auzeville Tolosane.

Les compétences souhaitées : 
* Maîtrise de l’environnement Unix/Linux ;
* Maîtrise d’un langage de programmation : Python … ;
* Maîtrise de Git ;
* Expérience avérée en développement d’application informatique ;
* Expérience appréciée dans l’utilisation de gestionnaires de workflow (Nextflow, Snakemake ou autre).

Capacités personnelles: 
* Diplôme minimum souhaité : BAC +3 informatique / bio-informatique ;
* Bon sens de l’organisation, rigueur, méthode et motivation ;
* Envie de travailler en équipe.