Société Française de Bioinformatique

Mots-Clés

biologie de l'invasion genomique des populations analyse de données R Nextflow Singularity

Description

Les invasions biologiques constituent une composante majeure du changement global. Pourtant, on ne comprend toujours pas pourquoi certaines populations introduites deviennent envahissantes et d’autres non. Les processus démographiques semblent toutefois constituer un facteur clé : après l’introduction d’un faible nombre d’individus dans un nouveau milieu, les niveaux de consanguinité et de dérive augmentent sensiblement, et les mutations délétères peuvent se retrouver exposées à la sélection naturelle. Ces processus peuvent avoir deux conséquences opposées : soit la fixation, soit la purge des mutations délétères. Une hypothèse en biologie de l’invasion est que les populations qui deviendront effectivement envahissantes sont celles qui ont purgé une partie de leurs allèles délétères.
Ce stage s’inscrit dans un projet de recherche qui vise à tester l’hypothèse de la purge des mutations délétères par une approche de génomique des populations sur dix espèces d’insectes. Dans ce contexte, le ou la stagiaire travaillera sur des jeux de données de SNP (Single Nucleotide Polymorphism) déjà disponibles pour chacune des espèces du projet, issus de séquençages de génomes entiers (WGS) de pools d’individus (pool seq) de populations natives et envahissantes. Le travail consistera principalement à mettre en œuvre et adapter des outils d’analyse bioinformatique pour comparer le fardeau génétique des populations envahissantes avec celui de leurs sources. Cela impliquera l’écriture de scripts (notamment sous R), l’utilisation de logiciels fonctionnant en ligne de commande sous environnement Linux, et éventuellement la finalisation ou l’adaptation d’un pipeline Nextflow avec conteneurs Singularity. L’objectif est triple : (i) appliquer différentes méthodes d’analyses pour caractériser les différences génétiques entre populations, (ii) explorer les éventuelles caractéristiques démographiques et génétiques communes aux différentes situations d’invasion par une approche comparative interspécifique, et (iii) mettre en forme l’ensemble des scripts et pipelines en vue d’une publication future, avec une attention particulière portée à leur mise à disposition selon les principes FAIR.