Société Française de Bioinformatique

Mots-Clés

hémopathies malignes lymphome folliculaire leucémie lymphoïde chronique myélome multiple single-cell RNA-seq CITE-seq Répertoire BCR

Description

Description

L’institut Paoli-Calmettes, en partenariat avec l’équipe de Sandrine ROULLAND, au Centre d’Immunologie de Marseille Luminy (CIML), recrute un ingénieur en bio-informatique pour l’analyse de données de single-cell et la coordination d’un projet centrée sur la caractérisation de la maladie résiduelle dans les hémopathies malignes, dérivant des lymphocytes B. Un projet soutenu par le consortium CALYM.
Le projet est basé sur l’utilisation de technologies single cell state-of-the-art (méthodes d’analyses intégratives du phénotype de surface, du transcriptome et des réarrangements VDJ du BCR à l’échelle de la cellule unique) pour caractériser les cellules tumorales de lymphome folliculaire (FL), de leucémie lymphoïde chronique (LLC) et de myélome multiple (MM) persistant post-traitement, ainsi que leur microenvironnement de soutien (TME), et la façon dont les deux co-évoluent. Ce projet s’inscrit dans un effort collaboratif rassemblant plusieurs équipes du consortium CALYM (Projet MRDeep).
Vous serez accueilli, au sein de plateforme de bio-informatique du CIML, centre d’immunologie localisé sur le campus de Luminy à Marseille. Vous travaillerez au sein d’une équipe d’experts en bio-informatique travaillant sur des données single-cell. Vous aurez accès à un cluster de calcul combinant CPU et GPU.
Vous serez également en immersion au sein de l’équipe de recherche du Dr ROULLAND et travaillerez en collaboration avec le Dr BRISOU, hématologue à l’Institut Paoli Calmettes et porteur du projet MRDeep, pour bien comprendre les enjeux clinico-biologiques du projet.
La plateforme de bio-informatique du CIML est au service des unités de recherche académiques. Vous bénéficierez d’un environnement scientifique de haut niveau et profiterez des échanges avec le personnel des plateformes et de l’équipe de recherche.

Outils techniques :

• Langages informatique : Python, R, bash
• Outils single-cell : Seurat, Scanpy
• Méthodes : normalisation, intégration, mapping, analyse
  différentielle, analyse de trajectoire, analyse de répertoires, ....

Compétences/Savoir-être additionnels :

-Présenter les résultats et approches utilisées de façon synthétique sous forme de rapports, publications, présentations orales.
- Assurer et organiser la veille scientifique et technologique dans le domaine du single-cell.
- Goût pour les projets mêlant bio-informatique et biologie
- Coordination de projet/travail en équipe.
- Echanges et partages d’outils avec les équipes collaboratrices
- Tenir une conversation orale en anglais.