2015-06-15 Bilan 2014-15

Compétences/technologies

15 juin 2015

14h00 au 2eme étage de Genopolys (141 rue de la cardonille).

* Bilan
- 14/10: API Ensembl
- 14/11: Introduction à la phylogénie
- 14/12: Ontologies et SPARQL
- 15/02: Frameworks de programmation
- 15/03: Infrastructures de calcul
- 15/04: Parallélisation de code
- 15/06: Bilan

* Participation aux sessions
- Les personnes localisées sur le campus route de Mende ou Agropolis ne viennent (presque) pas.
- Difficulté liée à la localisation des sessions à Génopolys?
- Suggestion: organiser des sessions dans les différents labo (comme déjà suggéré l'année dernière).
- Serait-il possible d'avoir les infos à propos des sessions organisées au sein d'Agropolis et éventuellement d'élargir les participants?

* Choix des thématiques
- Mettre en place des groupes de travail de quelques personnes intéressées par le même sujet pour qu'elle travaillent ensemble et puissent organiser une ou plusieurs sessions approfondies.

* Groupes de travail
- Oana Vigy propose un groupe de travail Cytoscape : "j'ai comme proposition une présentation du logiciel libre Cytoscape qui permet notamment la visualisation et l'analyse de réseaux d'interactions; à co-préparer s'il y a d'autres utilisateurs? + aperçu des bases de données d'interactions protéine-protéine. De plus, plusieurs plugins peuvent être utilisés dans Cytoscape pour pousser les analyses (Gene Ontology, cluster, voies de signalisation, etc.). Je serai intéressée par des retours sur leurs utilisations (BiNGO et MCODE principalement utilisés pour ma part) et sur les éventuelles mises en application "utiles" au sens du "biologiste".
- Aubin Thomas propose un groupe de travail API Ensembl.
- Galaxy?

* Suggestions de thématiques
- NoSQL
  Il faut trouver quelqu'un
- R
  Sujet très (trop) vaste. On pourrait orienter sur les aspects 'technique interne' de R: comment ça marche, dans quelles situations c'est efficace
- Bonnes pratiques de programmation
  Git, mercurial, commentaires, documentation, ...
- Cloud IFB
  A prévoir dès que l'IFB-core peut organiser des formations "déportées"
- Phylogénie, la suite: modèles et/ou méthodes
- Les Web Services des grands centres de bioinfo (NCBI, EBI, ...)

* Fonctionnement
- Envoyer un mail sur la liste bionfo, à la rentrée de septembre, pour atteindre les ingénieurs qui ne connaissent pas encore MBI
- Pour l'organisation des sessions, préparer une enquête pour cerner les attentes des participants afin de mieux orienter les sessions