M2 - Traitement de données de séquençage à haut débit sur différents omiques, et analyse intégrative de ces données biologiques

Type de poste
Niveau d'étude minimal
Dates
Durée du poste
Contrat renouvelable
Contrat non renouvelable
Date de prise de fonction
Date de fin de validité de l'annonce
Localisation
Adresse

14 rue Corvisart
75013 Paris
France

Contacts
Yuna Blum
Sylvie Job
Email du/des contacts
contact-cit@ligue-cancer.net
Description

Description du stage

Ce stage de M2 de 6 mois sera centré sur l’analyse et l’intégration de données de type omique de natures variées obtenues sur différents cancers et de multiples patients.

Depuis plus de 10 ans, le Programme CIT a développé une expertise dans l’analyse de données génomiques. L’objet de ce stage sera d’améliorer les pipelines relatifs à l’analyse de l'exome obtenu par whole-exome sequencing, et du transcriptome obtenu par RNA-seq et la mise en place du pipeline d’analyse pour les données de méthylome obtenues par Reduced Representation Bisulfite Sequencing (RRBS).

Dans un premier temps, une analyse bibliographique sera effectuée par le stagiaire pour mieux appréhender les outils les plus pertinents pour l'analyse de ces différentes données omiques.

Dans un second temps, il participera à l’amélioration de ces pipelines et à leur automatisation. Dans un troisième temps, le stagiaire pourra alors proposer des méthodes originales d'analyses intégratives qu'il testera sur plusieurs jeux de données internes au programme CIT, pour contribuer à une meilleure compréhension du/des cancer(s) étudiés.

Matériel et méthodes

La mise en place des pipelines et l'analyse des données nécessiteront de développer des compétences en programmation en Shell, en snakemake et en R.

Conditions du stage

Le stage s’effectuera sur une durée de 6 mois, et débutera en janvier ou février 2019.

Le stage aura lieu au siège de la Ligue Nationale Contre le Cancer, 14 rue Corvisart Paris 13°. Le stagiaire sera accueilli au sein de l’équipe bioinformatique du programme Cartes d’Identité des Tumeurs (CIT).

A propos de l’équipe d’accueil

Le programme Carte d'Identité des Tumeurs est un programme de recherche en oncogénomique pluridisciplinaire. Il est entre autre composé de chercheurs en oncogénomique, d'un ingénieur système et d’un data-manager.

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