Bioinformaticien – data manager de données génomiques de cancer

Type de poste
Niveau d'étude minimal
Dates
Durée du poste
Contrat renouvelable
Contrat non renouvelable
Date de prise de fonction
Date de fin de validité de l'annonce
Localisation
Nom de la structure d'accueil
Adresse

114 rue Edouard Vaillant
94805 Villejuif
France

Contacts
Florence Koeppel
Email du/des contacts
FLORENCE.KOEPPEL@gustaveroussy.fr
Description

L’Institut de Cancérologie Gustave Roussy, premier centre européen de lutte contre le cancer, a une forte activité de séquençage génomique. L’institut est par ailleurs membre du consortium international «Cancer Core Europe» (CCE), qui constitue une structure européenne médicale et scientifique de pointe. L'objectif de Cancer Core Europe est d'atteindre un volume critique de données et travaux au service de tous les champs de la recherche, fondamentale, clinique et translationnelle mais aussi d'assurer un continuum de la recherche fondamentale, à la prise en charge des soins aux patients. Les sept centres participants sont disposés à collaborer à divers projets de recherche translationnelle et clinique grâce à un partage efficace des données et à la création d’une base de données commune, contenant en particulier des données cliniques et génomiques.
Dans ce contexte, vous assurerez d’une part la mise en œuvre de ce partage au niveau de Gustave Roussy et d’autre part le développement de pipelines d’analyse bioinformatique de données de séquençage pour la médecine de précision. Vous serez rattaché au Service de génétique des tumeurs et accompagnés par la plateforme de bioinformatique. Vous serez par ailleurs en interaction avec vos homologues au sein de CCE, les Attachés de Recherche Clinique et biostatisticiens pour l’extraction des données cliniques, ainsi que l’équipe du projet ODIN (structuration des données génomiques).

Vos principales missions seront les suivantes
1/ Migration des données locales vers la base de données CCE :
• Collection et transformation des données clinico-génomiques à partager
• Migration des données vers la base CCE via les outils mis à disposition
• Participation aux réunions CCE
• Etre force de proposition sur la thématique du partage de données

2/ Développement de pipelines d’analyse de données de séquençage :
• Analyse du besoin
• Développement de pipelines et tests

Compétences requises :
• Maîtrise des outils informatiques liés à l’analyse des données de séquençage NGS
• Maîtrise de Linux, Windows et les lignes de commandes
• Très bonne connaissance des différents formats utilisés en bioinformatique (FASTQ, UBAM, SAM, BAM, VCF…)
• Une expérience avec les outils cBioPortal et tranSMART serait un plus
• Savoir travailler en autonomie et s’intégrer dans une équipe pluridisciplinaire

Connaissances associées :
• Bon niveau d’anglais
• Connaissances en génétique et en biologie moléculaire

Pré-requis :
Master 2 en bio-informatique ou équivalent avec une première expérience professionnelle