Bioinformaticien h/f - INNOLEA

Type de poste
Niveau d'étude minimal
Dates
Durée du poste
Contrat renouvelable
Contrat non renouvelable
Date de prise de fonction
Date de fin de validité de l'annonce
Localisation
Nom de la structure d'accueil
Adresse

6, chemin des Panedautes
31700 MONDONVILLE
France

Contacts
Clotilde CLAUDEL
Email du/des contacts
clotilde.claudel@innolea.fr
Description

Innolea est une nouvelle société de recherche en génétique et génomique végétale qui reprend l’ensemble des activités de recherche initialement conduites par la société Biogemma sur les espèces oléagineuses colza et tournesol.

Localisée en France, près de Toulouse, Innolea, mène ses recherches au profit de 3 entreprises semencières internationales.

Exploration des génomes et étude des gènes, génétique quantitative, phénotypage innovant, exploration de diversité et création de matériel génétique sont les activités majeures conduites par l’entreprise.

Pour atteindre nos objectifs, nous devons pouvoir avoir accès aux données « omiques » et les utiliser. Nous menons des recherches sur le colza et le tournesol pour lesquels plusieurs génomes de référence sont disponibles. Grâce au séquençage à haut débit de ressources génétiques, nous développons des marqueurs qui combinés aux données de phénotypage permettent par analyses génétiques d’identifier des régions d’intérêts. La connaissance des génomes et des mécanismes biologiques via le transcriptome, le métabolome, nous permet de mieux cibler les régions génomiques à introgresser. Les découvertes livrées à nos actionnaires semenciers permettent ainsi d’améliorer les caractères d’intérêts dans les espèces cultivées.

Nous recherchons un bioinformaticien avec un esprit d’équipe pour s’intégrer dans la plate-forme bioinformatique.

Votre mission :
Sous la supervision d'un chercheur bioinformaticien-bioanalyste, vous serez responsable du développement des pipelines et des outils pour les analyses de données génomiques et transcriptomiques, de la gestion des données et de la mise à jour des outils de visualisation de ces données.
Dans ce contexte, vous assurerez en particulier :

• le développement de pipelines bioinformatiques pour l’assemblage de données génomiques et transcriptomiques et la découverte de SNP,

• Le développement d'outils pour l'analyse de données génétiques, génomiques et la mise en œuvre dans une plateforme Galaxy,

• La mise à jour régulière des données dans l'outil de visualisation du génome JBrowse.

Votre profil :
Avec un bac + 5 et au moins 3 ans d'expérience ou un doctorat en bioinformatique. Vous avez une bonne connaissance du traitement de données génomiques et transcriptomiques, de l'identification de SNP, de l’annotation des séquences. Vous savez comment implémenter des outils dans Galaxy et mettre à jour des données dans l'outil JBrowse. Idéalement, vous connaissez les méthodes de machine learning, deep learning pour les appliquer à diverses données agronomiques ou génomiques.

Le développement de logiciels est également l’une de vos compétences clés : vous connaissez un ou plusieurs langages de programmation (Perl, Python, ...).
Une connaissance de R et des notions de statistiques seront appréciées.
Linux / Unix, les clusters de calcul hautes performances (PBS, Slurm) vous sont familiers.

L'anglais scientifique est indispensable.
Rigoureux, curieux, autonome et force de proposition, vous avez une bonne capacité de synthèse et de présentation en français et en anglais et vous souhaitez vous investir dans une structure qui valorisera vos initiatives et votre proactivité. Votre adaptabilité et votre esprit d'équipe vous permettront de réussir vos missions.

Conditions de travail :
Lieu : Mondonville, Haute-Garonne, Occitanie
Type de contrat : CDI
Temps de travail : temps complet

Les candidatures (CV, lettre de motivation et références) doivent être envoyées à l'adresse suivante : clotilde.claudel@innolea.fr

Equipe adhérente personne morale SFBI
Equipe Non adhérente