Ingénieur d'étude - Analyse génomique intégrée des tumeurs endocrines

Type de poste
Niveau d'étude minimal
Dates
Durée du poste
Contrat renouvelable
Contrat renouvelable
Date de prise de fonction
Date de fin de validité de l'annonce
Localisation
Adresse

Institut Cochin, 24 rue du Fg Saint Jacques
75014 Paris
France

Contacts
guillaume.assie@inserm.fr
Email du/des contacts
guillaume.assie@inserm.fr
Description

Analyse génomique intégrée des tumeurs endocrines
Contexte :
Partant d’une large collection d’échantillons tumoraux, notre équipe s’intéresse depuis plusieurs années à la génomique des tumeurs endocrines. Deux directions sont développées, l’une translationnelle avec l’optique d’améliorer la prise en charge des patients, l’autre plus fondamentale, le but étant de comprendre les mécanismes de la tumorigenèse. Différentes techniques de génomique sont appliquées aux tumeurs. Nous avons récemment réalisé des analyses par séquençage, appliquées au génome tumoral, aux miRNA, et au séquençage des transcrits. Ces données ont été combinées à l’analyse d’autres omics (transcriptome, méthylome, SNP). Des résultats importants ont été générés (Assié et al., New England Journal of Medicine 2013 ; Assié et al., Nature Genetics 2014 ; De Reynies et al, JCO 2009 ; Assié et al, sous presse 2019 ; Neou et al, soumis 2019 ). La suite de ces projets est également prometteuse, avec entre autres des données nouvelles prêtes à analyser, et des données autres à venir. Nous avons également débuté des approches d’analyse de transcriptome en cellule unique dans les tumeurs.
Notre équipe (équipe du Pr Bertherat) s’intègre dans l’Institut Cochin à Paris. Les interactions sont nombreuses, avec la plateforme génomique l’Institut Cochin, les équipes d’analyse de données de l’Université Paris Descartes, avec le service clinique d’Endocrinologie et le service d’Oncogénétique de l’hôpital Cochin.

Profil recherché :
Un ingénieur d’étude/de recherche, pour l’analyse des données.
L’accent est mis sur le caractère à façon des analyses que nous développons. Cette spécificité tient au besoin d’intégrer des données de différente nature (génomique, clinique, histologique), et de répondre à des questions particulières et variées, allant de l’analyse pronostique à la recherche du/des gènes de prédisposition.
Le candidat devra donc être autonome pour implémenter des analyses à façon, en combinant l’utilisation de logiciels existants, et de programmes développés par lui-même.

Aptitudes:
- Initiative et autonomie pour le développement d’analyses originales.
- Travail en équipe, avec interactions variées avec les biologistes moléculaires, les cliniciens, les biostatisticiens/bioinformaticiens.
- Connaissances en programmation (langage R actuellement utilisé au laboratoire, Python)
- Connaissances larges en biostatistique (de l’analyse de signal aux analyses de survie)
- Bonnes connaissances en biologie moléculaire et en génétique, notamment des bases de données du génome humain
- Maîtrise de l’anglais technique écrit et oral du domaine.

Formation demandée :
Doctorat ou diplôme équivalent (école d’ingénieur).
Poste : Ingénieur informatique ; CDD de 12 mois (reconductible)

Formation : Bac + 5 et plus ou équivalent en expérience informatique souhaité
Bac + 3, Bac + 4 ou équivalent en expérience informatique exigé
Expérience : Débutants acceptés
Financement : projet FP7.
Salaire : selon les grilles de salaire INSERM (~2000€ bruts pour un Ingénieur d’Etude avec moins de 3 ans d’ancienneté).

Modalités de recrutement :
Le dossier de candidature, comprenant une lettre de motivation, lettres de recommandation ou coordonnées de référents, et un curriculum vitae détaillé, est à adresser à guillaume.assie@aphp.fr

Equipe adhérente personne morale SFBI
Equipe Non adhérente