M2: transcriptomique comparative intra et inter-spécifique au sein des dinoflagellés du genre Dinophysis.

Type de poste
Niveau d'étude minimal
Dates
Durée du poste
Contrat renouvelable
Contrat non renouvelable
Date de prise de fonction
Date de fin de validité de l'annonce
Localisation
Nom de la structure d'accueil
Adresse

ZA Pointe du diable
29280 plouzané
France

Contacts
Mickael Le Gac
Email du/des contacts
mickael.le.gac@ifremer.fr
Description

Transcriptomique comparative intra et inter-spécifique au sein des dinoflagellés du genre Dinophysis.

Les dinoflagellés du genre Dinophysis sont à l'origine de la bio-accumulation de toxines diarrhéiques au sein des bivalves à travers le monde et sont responsables des plus grandes périodes d’interdiction de commercialisation des bivalves en France. Ces dinoflagellés sont aussi mixotrophes et ont la particularité d'effectuer de la kleptoplastie, c'est à dire de maintenir fonctionnel les chloroplastes de leurs proies et de les utiliser pour effectuer de la photosynthèse. Ce projet a pour objectif de définir des transcriptomes de références pour plusieurs espèces du genre Dinophysis (au moins D. sacculus et D. acuminata) à partir de cultures en Laboratoire.
Il s'agira dans le cadre de ce stage de développer ces nouvelles ressources génomiques à même d'être utilisées pour des études fonctionnelles et de génomique des populations pour au moins deux espèces de Dinophysis (D. accuminata et D. sacculus). Plus particulièrement, à partir de séquences RNAseq disponibles (séquençage dans le cadre du projet Interreg Primrose) pour sept souches de Dinophysis et de leurs proies (M. rubrum), il s'agira de développer des transcriptomes de références, ainsi que des bases de données de sites nucléotidiques polymorphes (SNPs) pour les deux espèces. Les cultures ont été obtenues à partir de souches isolées sur les côtes espagnoles et françaises au cours des dernières années et sont partagées via le consortium Primrose (Projet Interreg 2017-2020). Ces jeux de données seront analysés de façon à identifier les gènes spécifiques et partagés entre les deux espèces, ainsi que les divergences génétiques au niveau intra- et inter-spécifique.

Encadrement : Mickael Le Gac et Marc Sourisseau, Dyneco/Pelagos, Ifremer, centre de Bretagne, 29280 Plouzané, France

Contact : mickael.le.gac@ifremer.fr; 02 98 22 43 58

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