Assemblage hybride (short/long reads) de génomes et annotations

Type de poste
Niveau d'étude minimal
Dates
Durée du poste
Contrat renouvelable
Contrat non renouvelable
Date de prise de fonction
Date de fin de validité de l'annonce
Localisation
Nom de la structure d'accueil
Adresse

INRA, Centre de Recherche d’Avignon Unité de Génétique et Amélioration des Fruits et Légumes (GAFL, UR1052) Domaine St Maurice
84140 Avignon
France

Contacts
Jacques Lagnel
Nathalie Boissot
Bernard Caromel
Email du/des contacts
jacques.lagnel@inra.fr
nathalie.boissot@inra.fr
bernard.caromel@inra.fr
Description

Laboratoire :
INRA, Centre de Recherche d’Avignon
Unité de Génétique et Amélioration des Fruits et Légumes (GAFL, UR1052) Domaine St Maurice, 84140 Avignon
https://www6.paca.inra.fr/gafl/
Équipes d’accueil :
Résistance Diversité́ et Durabilité (ReDD) et
Informatique, Bio-analyses et Bio-statistiques (I2B)
Dans le cadre de projets visant à étudier les interactions entre le melon et le puceron qui le colonise, nous avons obtenu des données NGS de nouvelles générations (ONT, PacBio, 10 X Genomics) et des cartes optiques (Bionano) de plusieurs génotypes de melon et de puceron. L'INRA GAFL recrute un ingénieur.e d'étude en bio-informatique/bio-analyse pour une durée de 5-6 mois pour traiter ces données (assemblage des génomes et annotation), avec une attention particulière aux familles multigéniques. Elle/Il pourra bénéficier de l'aide et des conseils des informaticiens et bio-informaticiens de l'unité. Il/Elle aura accès au serveur Linux de calcul de l’unité GAFL et aux plateformes HPC INRA.
Compétences demandées :
- Analyse de données NGS de type ADN (preprocessing, démultiplexage, mapping, SNPs calling)
- Utilisation et interprétation de logiciels d'analyse bio-informatique
- Maîtrise de l'environnement Linux
- Maîtrise d'au moins un langage de programmation/scripting (Python, bash)
- Notions d’outils de packaging/déploiement (Singularity) et de management de workflow (Snakemake)
Une connaissance dans l'analyse des long reads type Oxford Nanopore Technologies, 10X Genomix et carte optique sera un plus. Des connaissances et/ou une pratique du calcul sur cluster seraient aussi appréciées.
Des connaissances de bases en génétique seraient appréciées.

Pour candidater, envoyez avant le 15/12/2019, une lettre de motivation expliquant votre cursus et vos domaines de compétences, un CV. Envoyez ces documents à nathalie.boissot@inra.fr, bernard.caromel@inra.fr, et jacques.lagnel@inra.fr.
Les candidats retenus seront convoqués pour un entretien dans les 15 jours. Pour des raisons administratives, le candidat recruté ne devra pas avoir plus de
24 mois d’ancienneté à l’INRA.
Salaire : 2021 € brut (niveau IE) modulé en fonction de l’expérience.
Prise de fonction en janvier 2020

Equipe adhérente personne morale SFBI
Equipe Non adhérente