Caractérisation génomique des sérovars prédominants de Salmonella enterica et constitution d’un panel de génomes de référence

Type de poste
Niveau d'étude minimal
Dates
Durée du poste
Contrat renouvelable
Contrat non renouvelable
Date de prise de fonction
Date de fin de validité de l'annonce
Localisation
Adresse

14 rue Pierre et Marie Curie
94700 Maisons-Alfort
France

Contacts
Sabrina Cadel-Six
Sophie Roussel
Email du/des contacts
sabrina.cadelsix@anses.fr
sophie.roussel@anses.fr
Description

Les salmonelles (Salmonella) sont l’une des premières causes de maladies diarrhéiques dans le monde dues à des denrées alimentaires insalubres. En 2018, le rapport de l’Autorité Européenne de sécurité des aliments (EFSA) ainsi que celui du Centre National de Référence des salmonelles (CNR) font état des sérovars les plus répandus en Europe et en France (EFSA, 2018 ; CNR, 2018). Parmi les 2 500 différents sérovars connus, seuls 30 sérovars sont fréquemment isolés chez l’humain, l’animal, ou dans les aliments.
L’objet du stage est d’étudier la structure de la population de ces 30 sérovars de Salmonella les plus isolés par rapport aux autres sérovars à travers notamment la caractérisation génomique. L’étude portera sur i/la constitution d’un panel de génomes complets issus des bases de données publiques telles que NCBI, Enterobase ou KEGG DB ; ii/l’étude phylogénétique de ces génomes à l’aide des outils Roary et iVarCall2 (Page et al., 2015; Felten et al., 2017) et iii/la caractérisation des génomes d’intérêt grâces aux outils BLAST et ABRICATE (présence de gènes de virulence, résistance aux antibiotiques, plasmides, …).
Ce projet permettra d’établir, s’il existe, un lien entre les sérovars prédominants et les autres sérovars, de caractériser les génomes d’intérêt et d’élaborer un arbre décisionnel pour le choix des génomes de référence à utiliser dans le cadre d’une investigation de toxi-infections alimentaires collectives (TIAC). L’Unité Salmonella et Listeria (USEL), du Laboratoire de sécurité des aliments de l’ANSES de Maisons-Alfort, collabore en effet avec l’Agence nationale de santé publique et l’Institut Pasteur (CNR Salmonella) afin de comprendre les origines alimentaires des infections diarrhéiques à Salmonella au niveau national. L’USEL gère d’ailleurs un réseau de 140 laboratoires nationaux publics et privés (Réseau Salmonella), dont l'objectif est de collecter et caractériser les sérovars de Salmonella d'origine non humaine afin de surveiller l’évolution des tendances de ce pathogène en France et tout au long de la chaine alimentaire. L’USEL dispose d’une collection de plus de 100 000 isolats et 3 000 génomes de Salmonella ainsi que d’outils informatiques pour l’analyse des génomes sur systèmes d’exploitation LINUX et MS-DOS.

Equipe adhérente personne morale SFBI
Equipe Non adhérente