Génomique comparée

Type de poste
Niveau d'étude minimal
Dates
Durée du poste
Contrat renouvelable
Contrat renouvelable
Date de prise de fonction
Date de fin de validité de l'annonce
Localisation
Nom de la structure d'accueil
Adresse

5 chemin de beaulieu
63000 clermont fd
France

Contacts
pont caroline
Email du/des contacts
caroline.pont@inra.fr
Description

Le/la candidat(e) participera à un projet visant à comparer les génomes de plus de 50 espèces couvrant la diversité des plantes à fleurs (pour référence Murat et al. 2017 cité ci-dessous). La comparaison de ces génomes doit permettre (1) le recensement des gènes conservés entre angiospermes et ceux spécifiques de ces espèces ainsi que les fonctions biologiques associées ; (2) la reconstruction du scénario évolutif des plantes à fleurs sur près de 200 millions d’années ainsi que les réarrangements génomiques majeurs associés ; (3) le transfert de connaissances des espèces considérées comme modèles aux espèces d’intérêt agronomique. L’équipe d’accueil assure l’accès aux outils et ressources informatiques nécessaires à la pleine réalisation du projet.
compétences : Exploitation des séquences (comparaison de séquences, utilisation de banque de données biologiques, alignements multiples, détection/annotation de gènes, phylogénie…). Maîtrise de langages de programmation (C, perl, JAVA, SQL, PHP…) ainsi que des outils d’interfaçage (HTML, CGI MySQL, PHP, perl CGI) appliqués aux systèmes d'exploitation classiques (IRIX, Linux, SOLARIS, OSF1, MacOS X). Maîtrise des techniques de sélection, exploration, modification et modélisation de grandes bases de données.
Le candidat sera recruté au sein de l'UMR Génétique Diversité Ecophysiologie des Céréales (84 permanents et 30 non permanents) dans l' Equipe Paléogénomique et Evolution qui comprend 4 permanents et 3 posts docs.

http://bit.ly/PaleoEvo

Référence: Reconstructing the genome of the most recent common ancestor of flowering plants.
Murat F, Armero A, Pont C, Klopp C, Salse J. Nat Genet. 2017; 49(4):490-496.

Equipe adhérente personne morale SFBI
Equipe Non adhérente