Validation du lien entre cancer et microbiome intestinal

Type de poste
Niveau d'étude minimal
Dates
Durée du poste
Contrat renouvelable
Contrat non renouvelable
Date de prise de fonction
Date de fin de validité de l'annonce
Localisation
Nom de la structure d'accueil
Adresse

114 rue Édouard Vaillant
94800 Villejuif
France

Contacts
Marc DELOGER
Nathalie MALHERBE
Email du/des contacts
Marc.DELOGER@gustaveroussy.fr
Nathalie.MALHERBE@gustaveroussy.fr
Description

Description du poste :

Gustave Roussy (2700 employés), premier centre européen de lutte contre le cancer, cherche à recruter un(e) bioinformaticien(ne) pour prendre en charge l’analyse de données de métagénomique de patients dans le cadre du consortium européen intitulé « ONCOBIOME H2020 » dont le but est de valider le lien entre cancer et microbiome intestinal, et mettre en évidence que l’efficacité du traitement dépend de la spécificité de ce microbiome intestinal. Ce travail se fera en étroite collaboration avec les chercheurs de l’unité du Pr Laurence ZITVOGEL (U1015 INSERM-CICBT1428 - Immunology & Immunotherapy of Cancer) dont la renommée internationale n’est plus à faire (nombreuses publications dans des journaux à très haut facteur d’impact tous les ans), ainsi que les partenaires du consortium.

Le(la) bioinformaticien(ne) aura pour mission le traitement et l’interprétation des données de métagénomique (16S + shotgun) et de métabolomique nécessaires à : (i) l’identification et validation des signatures du microbiote intestinal associées à la survenue et au pronostic de la maladie, à la résistance et à la toxicité des traitements anti-cancéreux, (ii) au déchiffrement de la pertinence fonctionnelle de ces écosystèmes intestinaux associés au cancer dans la régulation du métabolisme, de l'immunité et de l'oncogenèse de l'hôte, et (iii) à l’intégration ces signature microbiennes intestinales (GOMS) à d’autres caractéristiques oncologiques (cliniques, génétiques, immunologiques, métaboliques).

 

Connaissances et compétences professionnelles :

  • Excellente connaissance des données de métagénomique 16S/shotgun et de métabolomique
  • Compétences démontrées dans l’utilisation : (i) d’outils d'analyse et de visualisation de données de métagénomique (MetaPhlAn2, HumAnn2, Mothur, DADA2, Picrust2, Gephi), (ii) des méthodes statistiques associées (test (non-)paramétriques, random forest, PLSDA.VIP, LEfSe2, régressions), (iii) d’analyse de réseaux de co-occurrence
  • Maîtrise des langages de scripting  (python / R / bash)

 

Expertise et compétences interpersonnelles :

  • Enthousiaste, indépendant et proactif
  • Bien organisé, consciencieux et flexible
  • Solides compétences en communication et capacité à travailler efficacement avec les autres
  • Capacité à synthétiser les résultats et à générer des rapports de données

 

Qualifications :

BAC + 8 en bioinformatique ou équivalent

 

Type de contrat :

CDD de 24/36 mois, à pourvoir dès que possible. Rémunération à ajuster selon expérience.

 

Dans le cadre de notre politique volontariste en faveur de l’insertion des personnes en situation de handicap, toutes les candidatures reçues sont étudiées à compétences égales.

Equipe adhérente personne morale SFBI
Equipe Non adhérente