(poste pourvu) Bioinformaticien en analyse de données NGS

Type de poste
Niveau d'étude minimal
Dates
Durée du poste
Contrat renouvelable
Contrat renouvelable
Date de prise de fonction
Date de fin de validité de l'annonce
Localisation
Adresse

14 avenue de l'hôpital
45067 Orléans 2
France

Contacts
Eric Legac
Email du/des contacts
eric.legac@chr-orleans.fr
Description

Fiche de poste : Bio-informaticien
Contexte :
Les techniques de séquençage à haut-débit ont permis d’accroître considérablement nos connaissances en génomique, transcriptomique et épigénétique. Toutes ces applications nécessitent la mise en place de chaînes de traitement bioinformatiques dédiées, permettant d'analyser et d'extraire l'information biologique pour répondre à la question posée.
Le Pôle Biopathologie du Centre Hospitalier Régional d'Orléans regroupe les services de Génétique, Pathologie (anatomie et cytologie pathologiques) et Biologie Médicale.
L’équipe de Génétique du Centre Hospitalier Régional (http://www.chr-orleans.fr/) d’Orléans (http://www.orleans-metropole.fr/) – INEM UMR7355 (http://www.univ-orleans.fr/fr/inem) comprend 2 biologistes, 2 ingénieurs et 10 techniciens pour la réalisation de la Génétique constitutionnelle et somatique par des techniques de caryotype, FISH, biologie moléculaire classique, SNP array (single nucleotide polymorphism) et NGS (new generation sequencing).
Le Centre Hospitalier Régional d’Orléans a déjà développé et accrédité :
• les puces SNP array pour la recherche des CNV constitutionnels (copy number variations). La technique est réalisée sur une plateforme Affymetrix, l’analyse sur ChAS.
• le NGS pour la recherche de mutations somatiques dans le cadre de cancers solides. La technique est réalisée sur une plateforme ThermoFisher, l’analyse sur Torrent Suite et IonReporter de ThermoFisher.
Le poste proposé s’inscrit dans un processus de développement de nouvelles analyses, essentiellement de NGS.
Responsabilités :
Dans ce contexte, les rôles du bio-informaticien comprendront :
• L’intégration de l’équipe de Génétique, le travail sous la responsabilité des biologistes en étroite collaboration avec les ingénieurs en Biologie dans un laboratoire accrédité.
• La prise en main, l’amélioration et la correction des outils bio-informatiques déjà utilisés au Centre Hospitalier Régional d’Orléans.
• L’aide à l’utilisation et à l’interprétation des données pour les résultats équivoques.
• La définition des stratégies d'analyse des données de grands séquençages.
• Le développement et la mise en place des chaînes de traitement d'analyses.
• La prise en charge de l’exécution des pipelines développés en interne, pour le prétraitement des données de NGS, en apportant tout le support nécessaire à l’écriture des scripts de lancement et d’exploitation optimale sur le cluster de calcul.
• La participation aux projets de développement ainsi qu’à la veille technologique et scientifique.
• La collaboration avec les biologistes du secteur de Biologie Médicale, lorsque les développements le nécessiteront (Pharmacogénétique, Hématologie tumorale, Hémostase et Thrombose...).
• La collaboration avec la Direction des Services Informatiques dans le cadre de toute mise à niveau ou de modification du parc informatique propre à l’équipe.

Profil recherché :
Diplôme :
Titulaire d’un diplôme d'ingénieur en Bioinformatique ou d’une thèse, avec une expérience préalable d'analyse de données NGS (données de génétique constitutionnelle et/ou somatique).
Compétences souhaitées :
• Fort intérêt pour le domaine des sciences biologiques et médicales.
• Maîtrise des concepts et outils bioinformatiques pour l'analyse de données de séquençage NGS de panels, d'exomes et de génomes entiers (BWA, samtools, picardtools, GATK, Freebayes, etc.)
• Connaissance des bases de données (TCGA, etc.)
• Bonne connaissance des langages R, python, bash
• Bonne connaissance des systèmes d’exploitation Ubuntu
• Anglais écrit et lu
Qualités requises :
• Capacité à travailler en équipe et, plus particulièrement dans un milieu pluridisciplinaire
• Autonomie, initiative et rigueur, bon esprit d'analyse et de synthèse
• Intérêt pour les sciences biologiques et plus particulièrement pour la Génétique
• Curiosité intellectuelle, goût de s’investir dans des activités nouvelles et variées
• Maîtrise des techniques de présentation écrite et orale

Equipe adhérente personne morale SFBI
Equipe Non adhérente