Apprentissage « Modélisation 3D des protéines d’entérotoxines staphylococciques »

Type de poste
Niveau d'étude minimal
Dates
Durée du poste
Contrat renouvelable
Contrat non renouvelable
Date de prise de fonction
Date de fin de validité de l'annonce
Localisation
Nom de la structure d'accueil
Adresse

14 rue Pierre et Marie Curie
94700 Maisons-Alfort
France

Contacts
deborah.merda@anses.fr
jacques-antoine.hennekinne.fr
Email du/des contacts
deborah.merda@anses.fr
Description

L'Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (Anses) assure des missions de veille, d'expertise, de recherche et de référence sur un large champ couvrant la santé humaine, la santé et le bien-être animal, et la santé végétale. Elle offre une lecture transversale des questions sanitaires et appréhende ainsi, de manière globale, les expositions auxquelles l'Homme peut être soumis à travers ses modes de vie et de consommation ou les caractéristiques de son environnement, y compris professionnel.

En 2018, les toxines bactériennes représentaient la première cause de Toxi-infection alimentaire collective (TIAC) en France (Santé publique France). Cependant, dû à un manque de méthode de détection, l’agent causal est fréquemment suspecté et non confirmé. Parmi les différents agents causaux, on retrouve les entérotoxines sécrétées par les souches de Staphylocoques à coagulase positive dont Staphylococcus aureus. Sur les 27 entérotoxines staphylococciques décrites dans la littératures seules cinq sont détectables, en routine, directement dans les aliments par des méthodes de type immuno-enzymatiques. Afin de faire le lien entre le germe et la toxine, des méthodes de biologie moléculaire et de séquençage de nouvelles générations ont été mises en place permettant d’étudier les profils toxiniques complets des souches de Staphylococcus aureus.
Grâce aux outils de génomique, nous avons mis en évidence la présence de plusieurs variants protéiques par entérotoxines. Ces variations peuvent influencer la structure tridimensionnelle des protéines et avoir un impact sur la fiabilité des tests-immunologiques développés. C’est pourquoi l’étude de ces protéines par modélisation tridimensionnelle est essentielle pour la mise en place de nouvelles méthodes.

La mission principale de l’étudiant sera donc de faire le lien entre la génomique et la protéomique grâce à la modélisation 3D des protéines. Le premier objectif de l’apprentissage sera de prendre en main les outils de modélisation disponibles en open source. Grace a ces outils, l’étudiant dressera un état des lieux des différents variants des ES pour les comparer entre eux. L’étude 3D pourra ensuite s’orienter vers la caractérisation des épitopes antigéniques impliqués dans la réponse immunitaire. L’ensemble de ces travaux pourront concourir à proposer une nouvelle classification des entérotoxines staphylococciques.

L’étudiant présentera ses travaux lors de l’atelier annuel des laboratoires nationaux de réference pour les SCP
Vous préparez une formation supérieure en bio-informatique ou omics (Master 2) en contrat d’apprentissage
Vous alternez 1 mois en entreprise et 1 mois à l’école

Une première expérience en analyses bio-informatiques est souhaitée
Compétences souhaitées : 
Génomique, protéomique
 Linux
 Langage de programmation (R, python)
 Compétences rédactionnelles
 Compétences en présentation orale
 Maitrise de l’anglais (écrit et parlé)

Date limite de réponse : 22/05/2020
Renseignements sur la mission : Déborah Merda, chargée de projets (Tél 0149772833, mail deborah.merda@anses.fr), Jacques-Antoine Hennekinne, chef de l’unité SBCL (jacques-antoine.hennekinne@anses.fr)
Adresser les candidatures par courriel (lettre de motivation + cv) en indiquant la référence AP-2020-069 à : recrutement@anses.fr

Equipe adhérente personne morale SFBI
Equipe Non adhérente