Approches d'intégration de données haut débit dans l'interactome humain

Informations générales
Nom
Bidaut
Prénom
Ghislain
Diplôme
HDR
Année
2020
Détails de la thèse/HDR
Jury
Pr Jacques Van Helden, TAGC, Université Aix-Marseille (président)
Dr Pascal Barbry, IPMC, CNRS (rapporteur)
Pr Gaëlle Lelandais: Université Paris-Sud (rapportrice)
Dr Anaïs Baudot, Laboratoire MMG, CNRS (rapportrice)
Dr Benno Schwikowski, Institut Pasteur Paris (examinateur)
Dr Laurence Calzone, Institut Curie (examinatrice)
Résumé en français
Dans cette HDR, Je présente plusieurs approches pour l’analyse et l’intégration de données hétérogènes dans l'interactome humain. Je présente d’abord un système d’analyse de données d’expression multiplateformes pour l’identification d’une signature de cellules souches par réseau neuronal et vocabulaire contrôlé. Ensuite, je présente une analyse de l’interactome humain pour améliorer les signatures pronostiques dans le cancer du sein. Puis, j’ai développé plus avant cette technologie en y a joutant des mesures d’altération de l’ADN pour identifier les gènes drivers. Plus récemment, je me suis intéressé aux réseaux de régulations. J’ai développé un système, HTS-Net, qui permet l’analyse de réseaux de régulations identifiés dans des screening à haut début de type siRNA ou shRNA.

Ces approches sont liées à la biologie des systèmes, qui est un outil indispensable pour comprendre et intégrer la masse d’information générée par la biologie à haut-débit.
Résumé en anglais
In this thesis, I present several approaches for the analysis and integration of heterogeneous data and the improvement of existing analysis. First, I introduce an approach based on neural network classification and controlled vocabulary to identify a stem cell differentiation signature. To go further, I established a network-based approach by analyzing the human interactome and integrate it with gene expression to identifiy prognosis genes signature. Then, I developed this technology further by adding DNA alteration data.

I describe then my latest interest in regulation networks, which led me to develop a new system, HTS-Net, for the analysis of siRNA/shRNA high throughout screenings.

These approaches are linked to systems biology, an essential tool to analyze the overwhelming body of information generated in high througput biology.