Big Data Manager at Institut Pasteur – Milieu Intérieur Project

Type de poste
Niveau d'étude minimal
Dates
Durée du poste
Contrat renouvelable
Contrat renouvelable
Date de prise de fonction
Date de fin de validité de l'annonce
Localisation
Nom de la structure d'accueil
Adresse

25 Rue du Docteur Roux
75015 Paris
France

Contacts
Etienne Patin
Email du/des contacts
recrutement@pasteur.fr
milieuinterieur@pasteur.fr
Description

(French version below)
The Milieu Intérieur Project (http://www.milieuinterieur.fr/fr) is an ambitious cohort study analyzing the impact of genetics and the environment, and their interactions, on the immune system. Its objectives are to establish a thorough understanding of the variation in the immune system in the general population, and to determine the role of genetics, aging, tobacco consumption, or microbiota in the regulation of immune programs. The Big Data Manager will process large biological datasets (human genomes, RNA-seq transcriptomes, microbiomes, proteomes, etc.), will manage the full life cycle of the data and develop online and offline databases to facilitate regular access requests to the data.
 
As part of this project, you will be in charge of :
- the management of multiple omics data generated by the Consortium, by collaboration with the Consortium's coordinators and bioinformaticians
- the deposit of the "omics" data set in public repositories
- the preparation of data sets responding to approved requests for access to the data
- the creation of large databases of results from the Milieu Intérieur, in order to promote the reproducibility and the openness of science
We are looking for a candidate who enjoys coding, structuring, organizing large volumes of Big Data type data. Knowledge in genetics or biology would be a plus.
 
Skills required:
- Diploma: Master's degree in (bio)informatics
- Experience: 3 to 5 years ideally
- Fluency in English, level B2
- Mastery of programming languages (R, SQL, Python, Unix shell...), mandatory experience in HPC (High Performance Computing)
- Competence in handling large datasets
- High ability to work in a team and centralize information (highly collaborative environment)
- Good communication with team members

""""VERSION FRANCAIS"""""""""
Le projet Milieu Intérieur (http://www.milieuinterieur.fr/fr) est une étude de cohorte ambitieuse visant à analyser l'impact de la génétique et de l'environnement, ainsi que leurs interactions, sur le système immunitaire. Les objectifs sont d'établir une compréhension approfondie de la variation immunitaire dans la population générale, et de déterminer le rôle de la génétique, du vieillissement, de la consommation de tabac, ou du microbiote dans la régulation des programmes immunitaires. Le big data manager traitera de grands ensembles de données biologiques (génomes humains, ARN-seq transcriptomes, microbiomes, protéomes, etc.), gérera le cycle de vie complet des données et développera des bases de données en ligne et hors ligne facilitant les demandes d'accès régulières aux données.
 
Dans le cadre de ce projet, vous serez en charge de :
- la gestion de multiples données “omics” générées par le Consortium Milieu Intérieur, en
collaboration avec les coordonnateurs et bioinformaticiens du Consortium
- le dépôt de l’ensemble des données “omics” dans les dépôts publics
- la préparation des jeux de données répondant aux demandes approuvées d’accès aux
données
- la création de grandes bases de données de résultats du Milieu Intérieur, afin de favoriser la reproductibilité et l’ouverture de la science
 
Nous recherchons un.e candidat.e qui aime coder, structurer, organiser des gros volumes de
données type Big Data. Les connaissances en génétique ou en biologie seraient un plus.
 
Compétences requises :
- Diplôme : niveau Master en bio-informatique
- Expérience : 3 à 5 ans idéalement
- Maîtrise de l'anglais, niveau B2
- Maîtrise des langages de programmation (R, SQL, Python, Unix shell…), expérience en HPC
(Calcul à Haute Performance) obligatoire
- Compétence dans le traitement de grands ensembles de données
- Grande capacité à travailler en équipe et à centraliser l’information (milieu très collaboratif)
- Bonne communication avec les membres de l’équipe
 
Veuillez contacter recrutement@pasteur.fr en joignant votre C.V. et votre lettre de motivation (un fichier pdf) pour postuler à ce poste

Equipe adhérente personne morale SFBI
Equipe Non adhérente