NGS : Maintien et développement d’outils d'analyse bio-informatique et des bases de données

Type de poste
Niveau d'étude minimal
Dates
Durée du poste
Contrat renouvelable
Contrat renouvelable
Date de prise de fonction
Date de fin de validité de l'annonce
Localisation
Nom de la structure d'accueil
Adresse

3 boulevard Fleming
25030 Besançon
France

Contacts
Didier HOCQUET
Jean-Luc PRETET
Email du/des contacts
dhocquet@chu-besancon.fr
jean_luc.pretet@univ-fcomte.fr
Description

Missions
Maintien et développement d’outils d'analyse bio-informatique et des bases de données nécessaires aux activités diagnostiques et d’analyses de données (génétique, microbiologie, cancérologie…) obtenues par séquençage nouvelle génération (NGS). Plus de détail sur la fiche de poste jointe.

Contributions attendues
- Concevoir, mettre en place et gérer les outils informatiques nécessaires au traitement et à la gestion des données générées par la technologie de NGS en génétique, cancérologie et en microbiologie
- Développer ces outils dans le respect des référentiels d’assurance qualité, notamment pour répondre aux exigences d’une accréditation par le COFRAC
- Veiller au stockage et à la sécurisation des données des patients
- Présenter ses résultats et rédiger des rapports
- Former les utilisateurs de la plateforme NGS (biologistes et ingénieurs) à l’utilisation des logiciels permettant de mieux comprendre et interpréter les résultats.

Communication et Relations
- Travail en relation avec les biologistes, les microbiologistes du CNR de la résistance aux antibiotiques et d’hygiène hospitalière et les ingénieurs de la plateforme de génétique moléculaire des cancers, du plateau de biologie moléculaire et avec les informaticiens du CHRU
- Valoriser les outils développés sous forme de présentations orales auprès des groupes de travail NGS (au sein de l’Institut National du Cancers, du gQuBE, des sociétés savantes…)
Type de poste
Ingénieur hospitalier ou ingénieur de recherche

Profil requis
Master 2 en bio-informatique ou diplôme en informatique avec des connaissances en biologie

Savoirs requis
- Programmation JAVA (Servlet) indispensable
- Programmation VBA indispensable
- Programmation Python
- Système Linux (shell scripts)
- Statistiques (R)
- Bases de données SQL
- Outils bioinformatiques sous Linux
- Bonne compréhension de la biologie moléculaire clinique et microbiologique
- Maîtrise des bases de données génomiques de génétique, de cancérologie et de microbiologie
- Connaissance des différentes technologies de séquençage et des différents types de fichiers générés
- Connaissance des outils de traitement bioinformatique pour l’alignement des génomes bactériens, l'annotation des génomes bactériens, l'identification de single nucleotide polymorphism (SNP), le variant calling, l’annotation des variants, la recherche de fusion de gènes.
- Formation initiale en informatique avec spécialisation en bio-informatique souhaitée
- Connaissance ISO 9001
- Savoir présenter de façon synthétique et didactique ses résultats
- Maitriser l’anglais scientifique à l’oral et à l’écrit

Savoirs théoriques :
- Programmation JAVA (Servlet) indispensable
- Programmation VBA indispensable
- Programmation Python
- Système Linux (shell scripts)
- Statistiques (R)
- Bases de données SQL
- Outils bioinformatiques sous Linux
- Bonne compréhension de la biologie moléculaire clinique et microbiologique
- Maîtrise des bases de données génomiques de génétique, de cancérologie et de microbiologie
- Connaissance des différentes technologies de séquençage et des différents types de fichiers générés
- Connaissance des outils de traitement bioinformatique pour l’alignement des génomes bactériens, l'annotation des génomes bactériens, l'identification de single nucleotide polymorphism (SNP), le variant calling, l’annotation des variants, la recherche de fusion de gènes.
- Formation initiale en informatique avec spécialisation en bio-informatique souhaitée
- Connaissance ISO 9001
- Savoir présenter de façon synthétique et didactique ses résultats
- Maitriser l’anglais scientifique à l’oral et à l’écrit

Savoirs d’environnement :
- Connaissances générales du Laboratoire de Biologie Médicale du CHRU de Besançon
- Connaissance des partenaires impliqués dans les activités de NGS (Plateforme de génétique moléculaire des cancers, génétique biologique…)

Savoirs procéduraux :
- Respecter les règles de confidentialité
- Connaissance de la démarche qualité du Laboratoire

Savoirs faire opérationnels :
- Être capable de s’adapter aux changements, à l’innovation

Savoirs faire relationnels :
- Savoir communiquer, travailler en équipe / en réseau, transférer un savoir-faire

Aptitudes
- Motivation, dynamisme
- Autonomie, esprit d’initiative et de synthèse

Equipe adhérente personne morale SFBI
Equipe Non adhérente