Adaptation parallèle des champignons au fromage

Type de poste
Niveau d'étude minimal
Dates
Durée du poste
Contrat renouvelable
Contrat renouvelable
Détails de renouvellement
12 mois
Date de prise de fonction
Date de fin de validité de l'annonce
Localisation
Adresse

360 RUE DU DOYEN ANDRÉ GUINIER
91405 ORSAY CEDEX
France

Contacts
Jeanne Ropars
Email du/des contacts
jeanne.ropars@universite-paris-saclay.fr
Description

Bonjour,
Dans le cadre d’un projet ANR JCJC sur l’adaptation parallèle des champignons au fromage, nous recrutons un-e ingénieur-e d’étude en bioinformatique (niveau Master, bac+5) au sein du laboratoire Ecologie Systématique et Evolution de l’université Paris-Saclay à Orsay (équipe Génétique et écologie évolutives). L’ingénieur-e aura pour mission de gérer les premières étapes d’analyses de génomes entiers :
1) Gérer les protocoles bio-informatiques : gérer le stockage des données, optimiser les paramètres et analyses des données de séquençage haut-débit (assemblage des génomes, annotations structurales et fonctionnelle, comparaisons de génomes (contenu en gènes, synténie), identification des réarrangements chromosomiques, représentation graphique des résultats, détection des SNPs)
2) Formater les données et résultats pour les bases de données publiques
Nous recherchons un-e candidat-e issu-e d’un master de bioinformatique. La personne recrutée devra être capable d’analyser de gros jeux de données haut-débit de génomes entiers Illumina, PacBio et MinION. Nous recherchons une personne motivée et capable de travailler en équipe.
Un CV, une lettre de motivation et le contact de trois références sont à envoyer à Jeanne Ropars (jeanne.ropars@universite-paris-saclay.fr).
L’unité Ecologie, Systématique et Evolution (ESE) est une unité mixte de recherche CNRS, AgroParisTEch et Université Paris Saclay, qui conduit des recherches en écologie et évolution qui visent à étudier l’origine et la dynamique de la biodiversité ainsi que l’évolution et le fonctionnement des écosystèmes. L’unité est localisée sur le campus scientifique d’Orsay de l’université Paris-Saclay, compte 125 personnes et dispose d’une serre, de laboratoires de biologie moléculaire et de culture in vitro. L’équipe a des compétences en bioinformatique et des serveurs de calcul sont disponibles. L’université Paris-Saclay a l’avantage d’être à côté de Paris tout en étant dans environnement calme et verdoyant, facilement accessible en RER.
Type de contrat : CDD, temps complet
Durée du contrat : 12 mois renouvelables jusqu’à 24 mois
Date d'embauche prévue : 1er septembre 2020, négociable
Salaire : grille salaire université pour ingénieur(e) d’étude (1635 euros net / mois pour un débutant)
Niveau d'études : Bac+5
Expérience souhaitée : Indifférent

We are looking for a bioinformatics research assistant (Master degree) in bioinformatics with experience in large genomic datasets, to join us on an ANR- funded project on the parallel adaptation in cheese fungi, at the University Paris Saclay. The research assistant will have to handle first steps in genome analyses. This includes managing bioinformatics protocols (managing data collection, fine-tuning of parameters and initial data analyses including genome assembly, structural annotation, functional annotation, gene content/synteny comparisons, identification of chromosomal rearrangements and graphical representation, SNP calling) and formatting data and results for databases.
Applicants should have bioinformatics skills related to large genomic datasets (high throughput data of whole genomes generated using Illumina, PacBio and MinION technologies). Great emphasis will be placed on personal qualities such as creativity, motivation and ability to work in a team. Candidates should also have a good ability to take initiative and work collaboratively.
E-mail a CV, motivation letter and three reference names to Jeanne Ropars (jeanne.ropars@universite-paris-saclay.fr). It is a 2 years funding. Ideally we are expecting to recruit someone for beginning the 1st of September 2020 but this is negotiable.

Contract for 12 months, up to 24
Starting period: May 1, negotiable
Gross salary: 1635 euros / month for a beginner
Master degree
No experience needed

The Department of Ecology, Systematics and Evolution in Paris Saclay University has about 130 employees and is active within research areas focusing on ecology and evolution, providing an excellent scientific environment. It also offers state-of-the-art infrastructure, including plant and fungus growth facilities as well as equipment for molecular biology and bioinformatics. The Paris Saclay University benefits both from the proximity of Paris and from a nice environment outside Paris.

Equipe adhérente personne morale SFBI
Equipe Non adhérente