Offre d'alternance :Développement en Python des outils BRANE pour l’analyse de données multi-omiques sous application web

Type de poste
Niveau d'étude minimal
Dates
Durée du poste
Contrat renouvelable
Contrat non renouvelable
Date de prise de fonction
Date de fin de validité de l'annonce
Localisation
Nom de la structure d'accueil
Adresse

1-4 avenue de Bois Préau
92500 Rueil Malmaison
France

Contacts
Aurélie Pirayre
Abir El Feki
Laurent Duval
Email du/des contacts
aurelie.pirayre@ifpen.fr
abir.el-feki@ifpen.fr
laurent.duval@ifpen.fr
Description

Contexte
Dans le  cadre initial de l'optimisation des processus de fabrication de biocarburants de seconde génération par approches biotechnologiques, IFP energies nouvelles (IFPEN) développe depuis 2015 des outils bioinformatiques pour le traitement et l'analyse de données multi-omiques. Les premiers travaux collaboratifs ont permis de développer la suite logicielle BRANE (Biologically-Related Apriori Network Enhancement), pour l'heure essentiellement axée sur l'analyse de données transcriptomiques au travers de réseaux de régulation de gènes. Deux approches principales d'inférence de réseaux de régulation de gènes sont disponibles : BRANE Cut et BRANE Clust. Ces deux méthodes reposent sur des méthodes d'optimisation de graphes construites en intégrant des \emph{a priori} biologiques afin d'améliorer l'interprétabilité des réseaux obtenus. La formulation et la résolution de ces problèmes d'optimisation sont basées sur une adaptation originale de méthodes de segmentation issues du traitement d'image. Afin de rendre utilisables  ces nouveaux outils par tous, nous souhaitons mettre en oeuvre une application web conviviale intégrant ces deux premières méthodes, et préparant celles à venir, en plus d'une brique de visualisation avancée des résultats. L'utilisation de l'outil xDash développé à IFPEN pour l'intégration dashboard-webservice pourra alors être mise à profit. 

Missions principales et activités

Les principales missions du poste ont pour but de concevoir un socle logiciel pour la visualisation et l'analyse avancée de données -omiques :
 - implémenter de manière uniforme et web-compatible les approches BRANE Cut (et BRANE Clust),
 - définir une interface graphique conviviale et intuitive ainsi qu'un rendu intéractif de visualisation  de réseaux de gènes,
 - améliorer les performances de calculs actuels (exemple : calcul de matrices de corrélation).

Informations complémentaires

Le candidat recherché devra avoir de très bonnes compétences en développement web (Javascript, html, ...) et programmation informatique (Python, R, Matlab et C++). Une facilité de compréhension du langage Java serait un plus. 

De bonnes connaissances générales en bionformatique seront également requises.  Une compétence, ou a minima une appétence particulière, pour l'analyse de données transcriptomiques serait appréciée. 

 Une attention particulière sera portée à la capacité à travailler en équipe pluridisciplinaire. 

Le stage d'alternance se déroulera :
 - sur le site IFPEN de Rueil-Malmaison, (1-4 avenue de Bois-Préau, 92852, Rueil Malmaison)
 - sous la tutelle de Aurélie Pirayre (aurelie.pirayre@ifpen.fr) et Abir El Feki (abir.el-feki@ifpen.fr), 
 - et en collaboration avec trois départements d'IFP Energies nouvelles : 

Merci d'envoyer CV et lettre de motivation à : Aurélie Pirayre (aurelie.pirayre@ifpen.fr), Laurent Duval (laurent.duval@ifpen.fr) et Abir El Feki (abir.el-feki@ifpen.fr).
 

Toutes les mises à jour : http://www.laurent-duval.eu/job-2020-internship-web-bioinformatics-multi-omics-data-analysis.html 

Equipe adhérente personne morale SFBI
Equipe Non adhérente