Bioinformatique et analyse des réseaux d’interactions à partir de données NGS

Type de poste
Niveau d'étude minimal
Dates
Durée du poste
Contrat renouvelable
Contrat non renouvelable
Date de prise de fonction
Date de fin de validité de l'annonce
Localisation
Nom de la structure d'accueil
Adresse

2, place viala
34000 Montpellier
France

Contacts
Renaud Vitalis
Laurent Cournac
Email du/des contacts
renaud.vitalis@inrae.fr
laurent.cournac@ird.fr
Description

L’agent recruté apporte un soutien aux chercheurs des unités pour analyser les données générées par le séquençage haut-débit, tant d’un point de vue bioinformatique que de la reconstruction des réseaux d’interactions, de manière à contribuer à la compréhension des liens entre structure des communautés et fonctionnement des écosystèmes. Il met en place une animation conjointe aux deux UMRs sur ces approches et s’implique dans la formation en bioinformatique / bioanalyse auprès des étudiants et collaborateurs au Sud.

Le poste étant partagé entre le CBGP installé sur le campus de Baillarguet (commune de Montferrier-sur-Lez) et Eco&Sols implanté à Montpellier, l’agent recruté aura un bureau dans chaque UMR et devra organiser son temps de travail entre ces deux sites, en accord avec ces deux unités.

Les activités de l'agent recruté seront de :
- Conseiller et guider dans l'utilisation de méthodes et outils d'analyse de séquences existants.
- Maintenir une veille bibliographique active et évaluer les outils et méthodes publiés.
- Analyser des données de séquençage haut débit (métagénomique 16S et 18S, métabarcoding, reconstruction de génomes microbiens complets...) pour caractériser les communautés
- Analyser des données pour caractériser les pathosystèmes et mieux comprendre les liens entre biodiversité et santé publique
- Analyser des données pour la compréhension des liens entre biodiversité des sols, interactions biologiques et fonctions du sol.
- Assurer une animation inter-UMR sur la bioinformatique et la bioanalyse des données haut-débit.
- Assurer des formations en bio-informatique et bio-statistiques, notamment dans les pays du Sud.
- Développer des workflows bio-informatiques pour faciliter le transfert aux non spécialistes et en assurer la reproductibilité.

Les compétences attendues concernent :
- Protocoles expérimentaux (connaissance approfondie).
- Recueil, analyse et traitement des données (connaissance approfondie).
- Biologie (connaissance générale).
- Cadre légal et déontologique.
- Langue anglaise : B1 à B2 (cadre européen commun de référence pour les langues).
- Facilités d’interaction avec des biologistes, des écologues et des informaticiens.
- Garantir la qualité et la pertinence des outils d’analyse et des résultats.
- Transmettre des connaissances. Utiliser les techniques de présentation.
- Pratique courante des langages Python et R.
- Expérience pratique de l’utilisation de suites logicielles bioinformatiques et biostatistiques

Les unités d’accueil offre un cadre de travail de grande qualité !

Equipe adhérente personne morale SFBI
Equipe Non adhérente