Ecogénomique du microbiote intestinal chez le moustique Culex pipiens, vecteur principal des virus West Nile et Usutu

Type de poste
Niveau d'étude minimal
Dates
Durée du poste
Contrat renouvelable
Contrat non renouvelable
Date de prise de fonction
Date de fin de validité de l'annonce
Localisation
Nom de la structure d'accueil
Adresse

UMR DGIMI 1333 INRAE - Université Montpellier
Case Courrier 101 - Bâtiment 24, 4ème étage
34095 Montpellier 5
France

Contacts
Julie Reveillaud
Marie-Agnès Petit
Mylène Ogliastro
Email du/des contacts
julie.reveillaud@inrae.fr
marie-agnes.petit@inrae.fr
mylene.ogliastro@gmail.com
Description

Direction de thèse proposée : Mme Julie Reveillaud, Mme Mylène Ogliastro

Sujet de la thèse
L’incidence et les risques associés aux pathogènes transmis par les moustiques comme la Dengue, West Nile ou Zika s’accroissent dans le monde entier et représentent une des menaces les plus importantes pour la santé publique. Dans un contexte de résistance aux insecticides et en l’absence de vaccin efficace, l’utilisation de la bactérie intracellulaire Wolbachia, qui peut limiter la transmission de pathogènes et manipuler la reproduction de son hôte, représente une des méthodes de lutte anti-vectorielle les plus prometteuses. Néanmoins, la variabilité génomique de Wolbachia et de son mobilome (l’ensemble de ses éléments génétiques mobiles), ainsi que la présence et le rôle d'autres microorganismes dans l’intestin des vecteurs, première barrière de l’infection virale, restent largement méconnus. En effet, la plupart des symbiontes des moustiques ne sont pas cultivables, et les études sur le microbiote restent encore largement descriptives. L’objectif de ce projet de thèse est de caractériser le microbiote (communautés bactériennes commensales et/ou symbiotiques, ainsi que leurs bactériophages et plasmides) dans l’intestin de Culex pipiens, vecteur principal des virus West Nile, et Usutu, en utilisant des nouvelles approches de métagénomique shotgun, de binning et de reconstruction de génomes.

Mots clefs
Français. Métagénomique, microbiote intestinal, symbionts, éléments génétiques mobiles, phages
Anglais. Metagenomics, microbiota, mobile genetic elements, symbionts, phages

Contexte de travail
Le (la) doctorant(e) bénéficiera d'un co-encadrement assuré par Julie Reveillaud (UMR DGIMI) et Mylène Ogliastro (UMR DGIMI). Par ailleurs, ce travail de thèse se fera en collaboration étroite avec le Dr A. Murat Eren (MBL/Université de Chicago, IL, USA) dont le laboratoire est expert et leader en techniques et pipeline d’analyses de données métagénomiques. Le projet de thèse sera financé par des financements acquis du Département Santé Animale de l’INRA et la Région Occitanie.

Le (la) doctorant(e) sera inscrit(e) à l’école doctorale Gaia (https://gaia.umontpellier.fr/). Les données de séquencage (métagénomes shotgun d’intestins de moustiques) sont disponibles. Ce projet s’appuiera sur la mise au pointe récente d’une méthode in silico d’assemblage, binning et reconstruction de génomes ‘Etat de l’art’ basée sur la pipeline Anvi’o. Les gènes de phages et régions de prophages seront analysés et annotées en collaboration avec Marie-Agnes Petit.

Par ailleurs, les ADNr16S seront extraits des données de métagénomique shotgun et comparés aux données de diversité taxonomique obtenues par amplicon 16S pour une étude exhaustive de la diversité taxonomique bactérienne associée aux moustiques (packages R Dada 2, phyloseq, vegan, ggplot).

La réalisation de qPCR afin d'obtenir des données quantitatives sur les différentes bactéries et phages en présence identifiées pourra être effectuée en fonction des résultats obtenus.

Expérience et formation souhaitée du candidat
Le (la) candidat(e) devra avoir une formation en écologie microbienne. Il ou elle aura de bonnes compétences en bioinformatique (Unix, R, python), biostatistiques et un intérêt pour les approches de métagénomique. Une première expérience dans l’analyse de données 16S-metabarcoding ou l’analyse de virus serait considérée comme un plus. Il/elle aura un intérêt particulier sur les problématiques de santé publique. Le poste nécessite de bonnes aptitudes de communication orale et écrite (français et anglais nécessaires) ainsi que de bonnes pratiques de laboratoire et d’organisation.

Pour Candidater
Avant le 31 Juillet 2020
Envoyer par email : un CV détaillé + une lettre de motivation + deux références+ relevé de notes et classement des 2 années de master avec l’effectif de la promotion

References
Altinli M, Lequime S, Courcelle M, François S, Justy F, Gosselin-Grenet AS, Ogliastro M, Weill M, Sicard M, Evolution and phylogeography of Culex pipiens densovirus, Virus Evolution, Volume 5, Issue 2, July 2019
Cornuault, J., Petit, M.A., Mariadassou, M., Benevides, L., Moncaut, E., Langella, P., Sokol, H., De Paepe. (2018). Phages infecting Faecalibacterium prausnitzii belong to novel viral genera that help decipher intestinal viromes (2018) Microbiome doi.org/10.1186/s40168-018-0452-1
Eren AM, Esen ÖC, Quince C, Vineis JH, Morrison HG, Sogin ML, et al. Anvi’o: an advanced analysis and visualization platform for ‘omics data. PeerJ. 2015;3:e1319.
Moran NA, Degnan PH, Santos SR, Dunbar HE, Ochman H. The players in a mutualistic symbiosis : Insects , bacteria , viruses , and virulence genes. Proc Natl Acad Sci U S A. 2005;102(47).
Reveillaud J, Bordenstein SR, Cruaud C, Shaiber A, Esen ÖC, Weill M, et al. The Wolbachia mobilome in Culex pipiens includes a putative plasmid. Nat Commun. 2019;10(1):1051.
Weiss B, Aksoy S. Microbiome influences on insect host vector competence. Trends Parasitol. 2011;27(11):514–22.

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