IGE en Bionformatique Structurale et Modélisation Moléculaire

Type de poste
Niveau d'étude minimal
Dates
Durée du poste
Contrat renouvelable
Contrat non renouvelable
Date de prise de fonction
Date de fin de validité de l'annonce
Localisation
Nom de la structure d'accueil
Adresse

Université de La Réunion Site du Moufia
15 avenue René Cassin CS 92003
97744 Saint-Denis-La Réunion 9
France

Contacts
Etchebest Catherine
Gardebien fabrice
Email du/des contacts
catherine.etchebest@inserm.fr
fabrice.gardebien@univ-reunion.fr
Description

Le Laboratoire DSIMB travaille sur des protéines impliquées dans des infections bactériennes et liées à des mécanismes de résistance aux antibiotiques. Ces protéines MexA,MexB et OprM ou MexE, MexF et OprN, s’assemblent pour former des pompes à efflux qui vont ensemble extruder l’antibiotique. L’équipe effectue l’analyse fine des différentes structures protéiques constituant la pompe, et vise à prédire la structure du complexe. Elle explore leur dynamique et cherche à identifier de nouvelles stratégies pour lutter contre la résistance, via le design de peptides ou la recherche de petites molécules capables d’empêcher l’assemblage.

L’IGE intervient en lien avec l’équipe de bio-informaticiens de l’UMR_S 1134 sur la modélisation moléculaire du complexe et l’identification de molécules capables d’inhiber la formation du complexe.
Etude des propriétés de flexibilité et de dynamique de chaque partenaire: Il/Elle conduit des analyses par modes normaux ou par simulation de dynamique moléculaire. Il/Elle caractérise les régions impliquées dans les changements conformationnels et identifie les conformations les plus représentatives de chacun des partenaires.

Prédiction et modélisation de l’assemblage protéique

Il/Elle prédit l’interaction entre partenaires par des approches de docking couplées à des simulations gros-grains afin de proposer des modèles d’assemblages

Développements Méthodologiques :

Il/Elle participe au développement ou à l’adaptation de différents outils pour interpréter et tenir compte des données expérimentales disponibles (CryoET et mutagénèse) grâce à l’étroite collaboration interdisciplinaire avec les différents partenaires du projet.

Criblage:

En utilisant des outils de criblage virtuel, il/elle identifie des molécules capables d’interagir avec les régions d’interface entre protéines au sein du complexe.

Equipe adhérente personne morale SFBI
Equipe Non adhérente