BIOINFORMATICIEN(NE) en analyse de données NGS

Type de poste
Niveau d'étude minimal
Dates
Durée du poste
Contrat renouvelable
Contrat renouvelable
Détails de renouvellement
CDD à pourvoir pour remplacement d'un salarié absent. Durée dépendante de la date de retour de la personne absente
Date de prise de fonction
Date de fin de validité de l'annonce
Localisation
Nom de la structure d'accueil
Adresse

229 Cours de l'Argonne
33000 BORDEAUX
France

Contacts
Carlo Lucchesi
Yec'han Laizet
Isabelle Soubeyran
Nicolas Sevenet
Email du/des contacts
c.lucchesi@bordeaux.unicancer.fr
y.laizet@bordeaux.unicancer.fr
i.soubeyran@bordeaux.unicancer.fr
n.sevenet@bordeaux.unicancer.fr
Description

Contexte
Le département de Biopathologie de l’institut Bergonié participe à une prise en charge globale des patients en cancérologie, en intégrant de façon multidisciplinaire les techniques de laboratoire les plus innovantes. Ses activités sont réparties sur 5 unités : génétique constitutionnelle, pathologie moléculaire, centre de ressources biologiques, anatomo-cytopathologie et biologie médicale. Ses missions fondamentales sont : le soin, la recherche et l’enseignement. L’équipe de bioinformatique de l’Institut Bergonié recherche un(e) ingénieur(e) en bioinformatique confirmé pour la gestion de l’analyse des données NGS générées par les unités de génétique constitutionnelle et de pathologie moléculaire. Plusieurs technologies de séquençage de nouvelle génération (NGS) sont utilisées par ces équipes pour assurer le diagnostic et orienter la prise en charge médicale des patients atteints de pathologie cancéreuse ainsi que le dépistage d’anomalies génétiques prédisposant à la survenue de cancers. Le candidat / candidate travaillera en équipe sous la direction du responsable de la bio-informatique (M. Carlo Lucchesi, Institut Bergonié) dans une équipe dynamique et innovatrice de 10 bio-informaticiens. Disponible et à l’écoute, il / elle travaillera avec les bio-analystes, biologiste et cliniciens du département de Biopathologie pour répondre aux besoins des analyses pour le diagnostic patient. Parmi ses responsabilités, il / elle encadrera un ressource bionformatique junior qui travaille aux analyses de bioinformatique des unités de génétique constitutionnelle et de pathologie moléculaire de l’Institut.

Objectifs
Le candidat / candidate travaillera dans l’équipe de bioinformatique de l’Institut Bergonié à l’amélioration et au maintien des pipelines NGS. Il / elle travaillera à la conception, au développement, à la validation et à la documentation de nouvelles solutions d’analyses en fonction des besoins des unités de génétique constitutionnelle et pathologie moléculaire. Pour cela, Il définira le plan d’implémentation avec l’équipe de bioinformaticiens, pathologistes et cliniciens et procédera à son exécution et à la production des rapports d’avancement qui seront validés de façon collégiale. La formation et l’accompagnement des utilisateurs en BioPathologie seront inclus dans ses responsabilités.

Méthodologies
Le / la candidate devra maîtriser de façon indispensable les langages Python, Perl et R. Il / elle devra avoir une expérience dans l’analyse de données NGS et maîtriser les méthodes d’analyse primaire (QC, alignement), secondaire (détection de variants) et tertiaire (annotation de variants). Il / elle sera amené(e) à s’approprier des outils de gestion NGS (pipelines) et d’analyse développées par l’équipe de bio-informatique de Bergonié et à y apporter les éventuelles améliorations. Il / elle sera responsable du codage, débogage et documentation des outils bio-informatiques. . Le code sera développé, maintenu et tracé en équipe dans une plateforme GIT. Il / elle sera responsable de la
gestion des mises à jours des pipelines, des bases de données utilisées et de la documentation associée selon les règles définies par le laboratoire pour répondre aux normes de l’accréditation ISO15189.

Prérequis
Ingénieur, issu d’un Master en Bioinformatique, le / la candidate devra avoir une expérience confirmé dans l’analyse des données NGS et avoir géré auparavant des activités de bioinformatique en équipe avec des biologistes/pathologistes. Sa bonne connaissance de la terminologie de la génétique /génomique humaine le portera à interagir rapidement avec les équipes de biologistes et cliniciens. Il affichera une capacité d’organiser son propre plan d’activité et de documenter / rendre compte de l’évolution de taches planifiées.

Disponibilité
Septembre 2020

Type et durée du contrat
CDD à pourvoir pour remplacement d'un salarié absent

Mots-clés/Keywords
1 Python, Perl, R
2 REDCap
3 API
4 Linux
5 Git ou Mercurial
6 NGS panel, RnaSeq, ExomeSeq, Génétique, génomique et transcriptomique humaine
7 Travail en équipe, patience, détermination, positivité, communication

Spécialité(s)
Bioinformatique

Equipe adhérente personne morale SFBI
Equipe Non adhérente