Ingénieur de recherche en Bioinformatique

Type de poste
Niveau d'étude minimal
Dates
Durée du poste
Contrat renouvelable
Contrat renouvelable
Détails de renouvellement
Renouvellement selon performances et selon les contraintes législatives. Possibilité à terme d'un poste permanent via concours.
Date de prise de fonction
Date de fin de validité de l'annonce
Localisation
Nom de la structure d'accueil
Adresse

CHU Purpan
31300 Toulouse
France

Contacts
Olivier Joffre
Email du/des contacts
olivier.joffre@inserm.fr
Description

Ingénieur en Bioinformatique spécialisé dans l’analyse de données NGS

Contexte
Dans le cadre du projet régional Inspire (https://www.chu-toulouse.fr/-plateforme-inspire-) dans lequel il est fortement investi, le Centre de Physiopathologie de Toulouse Purpan (https://www.cptp.inserm.fr/) souhaite renforcer ses capacités d’analyse de données NGS en recrutant un ingénieur en bioinformatique.

Mission principale
Analyse approfondie de données NGS dans le cadre de projet de recherche à l’interface entre la clinique et la recherche fondamentale (Vieillissement, Immunologie, Inflammation, Infectiologie, Immunosenescence).

Activités principales
• Analyse bioinformatique de données brutes de séquençage haut-débit de nouvelle génération : contrôle qualité, alignement, détection des pics, analyse différentielle.
• Analyse combinatoire des données processées issues d’expériences de RNA-seq, ChIP-seq, ATACseq, scRNAseq, détection de variants, whole genome sequencing.
• Aide à l’interprétation des données et à la valorisation des résultats.
• Formation des chercheurs à l’utilisation de logiciels existants.

Activités associées
• Aide à la mise en forme et à la présentation des données.
• Formation à l’utilisation de logiciels et à la mise en autonomie des utilisateurs.
• Veille bibliographique sur les nouveaux outils d’analyse des données de séquençage.

Contraintes du poste
• Possibilité de déplacements ponctuels pour assister à des conférences scientifiques, dans le cadre des retraites d’institut ou de laboratoire, ou pour assister à des formations ou des cours.

Compétences principales requises
• Maitrise d’un ou plusieurs langages de programmation (R, Python…) et de scripting (Bash…).
• Maitrise de logiciel d’analyse : IPA, MEMEsuite, SAMTools, BEDtools, IGV, Cell Ranger ou Seurat.
• Maitrise du travail sur cluster de calculs (SLURM).
• Connaissance des méthodes statistiques relatives au machine learning et à l’analyse multidimensionnelle (ACP, tSNE, UMAP).
• Connaissance des bases publiques de données de génomiques.
• Maitrise de l’anglais scientifique.

Aptitudes
• Capacité à travailler en équipe, à communiquer, à vulgariser et à transmettre ses connaissances.
• Intérêt dans la recherche interdisciplinaire biologie/médecine.
• Méthode et rigueur dans l’analyse, la hiérarchisation et le stockage des données obtenues.

Diplôme et expérience requis
• Master en Bioinformatique (ou en Biologie avec expérience professionnelle en bioinformatique).

Contact
Les applicant.e.s doivent envoyer leur candidature (lettre de motivation, CV, coordonnées de deux référents) par email à Olivier Joffre (olivier.joffre@inserm.fr) avant le 30 Juillet 2020 (prise de fonction souhaitée en septembre 2020).

Equipe adhérente personne morale SFBI
Equipe Non adhérente