analyse de données NGS

Type de poste
Niveau d'étude minimal
Dates
Durée du poste
Contrat renouvelable
Contrat renouvelable
Date de prise de fonction
Date de fin de validité de l'annonce
Localisation
Adresse

11-13 rue Pierre et Marie Curie
75005 Paris
France

Contacts
Fabienne Lesueur
Nicolas Servant
Email du/des contacts
fabienne.lesueur@curie.fr
nicolas.servant@curie.fr
Description

Description :
Ingénieur en bioinformatique spécialisé dans l’analyse de données NGS

Contexte :
Dans le cadre d’études nationales sur la prédisposition génétique aux cancers qu’elle coordonne, notre équipe souhaite renforcer ses capacités d’analyses de données NGS en recrutant un ingénieur bioinformatique.

Mission principale
Analyse approfondie de données NGS dans le cadre de projets de recherche à l’interface entre la clinique et la recherche fondamentale (études familiales et études cas-témoins pour rechercher de nouveaux gènes de prédisposition au cancer du sein, analyse de panels de gènes, caractérisation du profil génomique des tumeurs développées chez les porteuses d’un variant pathogène constitutionnel).

Activités principales
• Analyse bioinformatique de données brutes de séquençage haut-débit de nouvelle génération : contrôle qualité, alignement, annotation des variants.
• Analyse combinatoire des données processées issues de séquençage de panel de gènes, de l’exome ou du génome entier, détection de variants, et éventuellement de RNA-seq.
• Aide à l’interprétation des données et à la valorisation des résultats.

Activités associées
• Aide à la mise en forme et à la présentation des données.
• Formation à l’utilisation de logiciels et à la mise en autonomie des utilisateurs.
• Veille bibliographique sur les nouveaux outils d’analyse des données de séquençage.

Contraintes du poste
• le poste sera rattaché à l’équipe Épidémiologie Génétique des Cancers de l’U900 mais le travail sera réalisé en étroite collaboration avec la plateforme de bioinformatique de l’Institut Curie qui fait également partie de l’U900.
• Possibilité de déplacements ponctuels pour assister à des conférences scientifiques ou pour assister à des formations ou des cours.

Compétences principales requises
• Maitrise d’un ou plusieurs langages de programmation (Python…) et de scripting (Bash…)
• Connaissance du logiciel R
• Maitrise de logiciel d’analyse : SAMTools, BEDtools, Picard, GATK
• Maitrise du travail sur cluster de calculs (PBS, Slurm …)
• Connaissance des bases publiques de données de génomique (1000G, TCGA, COSMIC …)
• Maitrise de l’anglais scientifique

Aptitudes
• Capacité à travailler en équipe, à communiquer, à vulgariser et à transmettre ses connaissances.
• Intérêt dans la recherche interdisciplinaire biologie/médecine.
• Méthode et rigueur dans l’analyse, la hiérarchisation et le stockage des données obtenues.

Diplôme et expérience requis
• Master en Bioinformatique (ou en biologie avec expérience professionnelle en bioinformatique)

Contact
Les candidats doivent envoyer leur candidature (lettre de motivation, CV, coordonnées de deux référents) par email (fabienne.lesueur@curie.fr et nicolas.servant@curie.fr) avant le 15 août 2020 (prise de fonction souhaitée en septembre 2020).

Equipe adhérente personne morale SFBI
Equipe adhérente