Analyse de données omiques liées aux précurseurs de microARNs

Type de poste
Niveau d'étude minimal
Dates
Durée du poste
Contrat renouvelable
Contrat non renouvelable
Date de prise de fonction
Date de fin de validité de l'annonce
Localisation
Nom de la structure d'accueil
Adresse

3, rue Ariane
Parc Technologique du Canal Bâtiment NAPA Center B
31520 Ramonville Saint-Agne
France

Contacts
Amélie Barozet
Email du/des contacts
amelie@micro-pep.com
Description

OFFRE DE STAGE M2 EN BIOINFORMATIQUE

Micropep Technologies est une jeune entreprise innovante de biotechnologies végétales installée à Toulouse. Nous travaillons au développement d'une nouvelle génération d’intrants biologiques pour l’agriculture afin de contribuer à la diminution et au remplacement des engrais et des pesticides chimiques. Nous nous appuyons pour cela sur une technologie de rupture reposant sur l’identification et le développement de peptides d’origine naturelle (les miPEPs*) permettant de réguler temporairement l’expression des gènes des plantes.
Nous sommes installés au sein du cluster Toulouse White Biotechnologies (TWB) où nous disposons de nos propres moyens d'expérimentation végétale et de l’appui des plateformes technologiques de TWB. 4 millions d’euros ont été levés depuis 2018 et nous ont permis de structurer notre activité R&D couvrant plusieurs domaines tel que le phénotypage de plante, la biologie moléculaire, la bioproduction, la formulation et la bioinformatique.

Objectifs du stage

A l’heure actuelle, il est possible de trouver une grande quantité de données transcriptomiques et génomiques publiques en ligne. Bien que ces données constituent une véritable mine d’information, il est bien souvent difficile de les trier, les répertorier et d’estimer leur qualité.
Le but de ce stage est donc de rassembler les données pouvant être utiles à micropep, les sélectionner en fonction de leur qualité et les organiser. Ce travail pourra ensuite être automatisé afin de pouvoir facilement mettre à jour les données.
Cette partie sera suivie d’un travail d’analyse, en commençant par l’extraction des éléments d’intérêt pour micropep. Un travail de recherche de conservation entre ces éléments d’intérêt viendra enfin compléter le stage.

Profil du Candidat

Vous savez être à la pointe des dernières technologies tout en étant pragmatique dans leur utilisation : le cloud computing vous est familier et vous souhaitez saisir cette opportunité de l’appliquer en bioinformatique.
Bien que nous soyons à vos côtés pour vous guider, vous savez faire preuve de résilience et devrez savoir rechercher et proposer des solutions à vos problématiques.
Les défis vous motivent, vous aimez vous fixer des objectifs et vous vous organisez pour les atteindre.
Quant à vos savoirs, vous avez hâte de nous partager et d’appliquer vos dernières connaissances en bioinformatique et vous savez que le python n’est pas qu’un simple serpent.

Informations Générales

Ce stage se déroulera au sein du département BioIT qui a pour mission de valoriser les données scientifiques et de mener les programmes de recherches en bioinformatique. L’encadrement sera assuré par notre chef de projet et docteur en bioinformatique.
Durée : idéalement, au minimum 6 mois (alternance possible)
Début de stage : en 2020 ou 2021 (dates flexibles)
Lieu : MICROPEP 3 rue Ariane, Bâtiment NAPA Center B, 31520 Ramonville Saint-Agne

Pour postuler, merci d’envoyer un CV et une lettre de motivation à careers@micro-pep.com (Indiquer en objet la référence BIF-INT-202006)

*Lauressergues et al., 2015 ; Nature

Equipe adhérente personne morale SFBI
Equipe Non adhérente