Stage de Bioinformatique en Immunologie et Immunogénétique

Type de poste
Niveau d'étude minimal
Dates
Durée du poste
Contrat renouvelable
Contrat non renouvelable
Date de prise de fonction
Date de fin de validité de l'annonce
Localisation
Nom de la structure d'accueil
Adresse

place Amélie Raba Léon
33076 Bordeaux Cedex
France

Contacts
Marine CARGOU
Email du/des contacts
biologistes-hla@chu-bordeaux.fr
Description

Mots clés : HLA, Transplantation d’organe, Greffe de cellules souches hématopoïétiques, Bio-informatique, Master 2

Présentation

Le laboratoire d’Immunologie et Immunogénétique du CHU de Bordeaux est un laboratoire de biologie médicale. Il comprend deux secteurs : Allergie-Humorale-Auto-Immunité et HLA-Cellulaire (HLA pour Human Leukocyte Antigens). Le secteur HLA-Cellulaire effectue des examens en vue de la transplantation d’organes (rein, cœur, foie, poumons) et de la greffe de cellules souches hématopoïétiques (CSH). Pour cette dernière, le laboratoire concentre les activités Centre Receveur et Centre des Donneurs Volontaires de Moelle Osseuse d’Aquitaine. Le laboratoire effectue également la recherche des anticorps impliqués dans les rejets et non prises de greffes, les inefficacités transfusionnelles plaquettaires et les thrombopénies néonatales, ainsi que des immunophénotypages lymphocytaires, notamment pour le suivi de certains déficits immunitaires acquis ou héréditaires. L’ensemble de ces examens s’effectue dans le respect des bonnes pratiques du laboratoire et est soumis à une accréditation COFRAC (Comité Français d’Accréditation), EFI (European Federation for Immunogenetics) et WMDA (World Marrow Donor Association).

Les techniques utilisées sont multiples : biologie moléculaire (typage HLA, chimérisme, typage plaquettaire), techniques sérologiques (anticorps anti-HLA, anticorps anti-HPA) et cytométrie en flux (crossmatch cellulaire, immunophénotypages lymphocytaires).
Plus précisément, les techniques de biologie moléculaire pour le typage HLA utilisent des techniques de pointe comme le séquençage haut débit (NGS pour Next Generation Sequencing) et d’autres techniques comme la SSO (Sequence Specific Oligonucleotides) et de la SSP à révélation par courbe de fusion (Sequence Specific Primers).
Notre technique de NGS utilise les réactifs AllType (One Lambda) permettant un typage des 11 locus du HLA. Il s’effectue sur une plateforme accessible à l’ensemble du Pôle de Biologie - Pathologie appelée « plateau technique de biologie moléculaire » (PTBM). Le séquenceur utilisé est le S5XL (technologie IonTorrent, ThermoFisher Scientific) et le préparateur de librairie est l’Ion Chef (uniquement pour les dernières étapes après le pool final des échantillons). Cette plateforme permet le basecalling à l’aide d’une flow cell contenant des semi-conducteurs (détection de pH). L’analyse des données se fait grâce à un logiciel appelé TSV (TypeStream Visual, One Lambda), fourni « clé en main » avec un paramétrage par défaut.
Poste et missions

Objectif 1 : Déterminer les paramètres optimaux d’un logiciel d’interprétation des données de NGS

Rationnel : L’obtention d’un typage HLA d’une extrême précision est très important pour nos patients en attente d’allogreffe de moelle osseuse. En effet, il est primordial de choisir le meilleur donneur de moelle osseuse ou la meilleure unité de sang placentaire (USP) pour le patient pour éviter l’effet GvH (Graft versus Host) pouvant conduire à une grave altération de la qualité de vie voir au décès du patient. Ces donneurs ou ces USP doivent être choisis avec le meilleur rapport bénéfice/risque en tenant compte de nombreux critères : compatibilité HLA, âge, sexe, groupe ABO, sérologie CMV, permissivité HLA-DPB1 etc.
Le premier objectif de ce stage est de définir les paramètres optimaux du logiciel TSV. Le but est d’obtenir des séquences d’une qualité idéale en vue d’assigner un typage HLA le plus exact possible pour nos receveurs en attente d’allogreffe. Pour cela, une analyse comparative des données devra être effectuée sur chaque allèle obtenu en faisant varier les paramètres 1 à 1. Il sera ainsi possible de maîtriser notre outil et de le valider avec des paramètres propres à notre laboratoire et de répondre aux critères d’accréditation en vigueur. Cette expérience pourra aussi mettre en lumière des anomalies du paramétrage par défaut et proposer des solutions devant des séquences de moins bonne qualité.

Objectif 2 : Développer un outil facilitant l’appariement des donneurs et receveurs en greffe de CSH

Rationnel : L’appariement des donneurs et receveurs en greffe de CSH est actuellement réalisé avec un outil de l’Agence de la biomédecine « Syrenad ®» (SYstème de REcherche NAtional Donneur). Cet outil n’est pas optimal et plusieurs inconvénients en découlent : 1) manipulations excessives de tableurs Excel avec des risques dans les tris et les filtres 2) risque d’omettre un donneur ou une USP optimaux pour un patient (et donc prise en charge non optimale) 3) insécurité et perte de temps de l’équipe de coordination et biologique, de nombreuses heures étant engagées chaque semaine afin de sélectionner les DVMO/USP optimaux(les). Le logiciel Syrenad® n’a pas d’API (Application Programming Interface). Malgré nos requêtes auprès de l’assistance de l’Agence de la biomédecine, il n’est pas prévu que les fonctionnalités soient changées dans les années à venir.
C’est pourquoi le deuxième objectif de ce stage sera de développer un outil informatique, comme interface avec le logiciel Syrenad® pour proposer des DVMO ou des USP recoupant les critères optimaux pour nos patients en attente d’allogreffe de CSH.

Objectif 3 : Développer un outil de gestion des contrôles qualités internes (CIQ)

Rationnel : Toutes les activités du laboratoire s’effectuent dans le respect des standards EFI et de la norme COFRAC NF ISO 15189. Ainsi, le suivi de nos CIQ sur l’ensemble de nos postes techniques nous est primordial pour un rendu optimal des analyses effectuées chez nos receveurs et nos donneurs d’organes et de CSH.
Dans ce contexte, le troisième objectif consistera au développement d’un outil permettant le recueil des données de CIQ à partir de différents logiciels métier (Suretyper, TSV, Fusion, etc…), leur mise en forme afin de faciliter leur interprétation et la validation de l’ensemble de nos techniques au quotidien.

Périmètre technique du poste

Java, Javascript, Oracle, Windows/Linux, Python, Excel et Vba

Compétences techniques requises

- Méthodes et outils de la bioinformatique
- Rédaction rigoureuse de toutes les étapes de codes et commentaires permettant une continuité du projet
- Développement java/python
- Traitement des fichiers Fastq, BAM
- Eventuellement, compétences en biologie générale voire en immunologie/HLA (voici un lien vers de la documentation https://nextcloud.chu-bordeaux.fr/index.php/s/jXvcTr8jwAlRPSR)

Equipe adhérente personne morale SFBI
Equipe Non adhérente