IE Bioinformatique UVSQ

Type de poste
Niveau d'étude minimal
Dates
Durée du poste
Contrat renouvelable
Contrat renouvelable
Date de prise de fonction
Date de fin de validité de l'annonce
Localisation
Nom de la structure d'accueil
Adresse

2 avenue de la source de la Bièvre
78180 Montigny le Bretonneux
France

Contacts
Stanislas Grassin Delyle
Email du/des contacts
stanislas.grassin-delyle@uvsq.fr
Description

Contexte
L’UFR Simone Veil - Santé (faculté de Médecine, Université Paris – Saclay (UVSQ)) propose un poste d’ingénieur d’études spécialisé dans le traitement des données de métabolomique. L’équipe est impliquée dans plusieurs programmes de recherche en santé utilisant des approches métabolomiques non-ciblées dans les matrices biologiques conventionnelles ainsi qu’une approche innovante d’analyse de l’air expiré (volatolomique). Les thématiques concernent principalement les pathologies infectieuses (sepsis) et pulmonaires (cancer, asthme, mucoviscidose…) avec un intérêt particulier porté à l’étude de la réponse aux traitements médicamenteux, en collaboration avec différents hôpitaux de l’AP-HP et l’hôpital Foch, dans le cadre d’études cliniques (RHU RECORDS notamment) et expérimentales. Les données sont générées sur deux plateformes complémentaires à l’aide de plusieurs types d’instruments (chromatographie liquide couplée à la spectrométrie de masse haute résolution (LC-HRMS), chromatographie gazeuse bidimensionnelle couplée à la spectrométrie de masse (GCxGC-MS), spectrométrie de masse par réaction de transfert de protons (PTR-HRMS)) reposant sur la spectrométrie de masse à temps de vol ou par trappe orbitale. Les développements logiciels adéquats et traitement des données sont réalisés avec le CEA (Dr Thévenot, Département Médicaments et Technologies pour la Santé, Université Paris-Saclay, CEA, INRAE, MetaboHUB) par l’intermédiaire d’une collaboration qui a vocation à se poursuivre avec l’ingénieur recruté.

Missions
L’ingénieur en analyse de données aura la responsabilité des analyses bioinformatiques et biostatistiques dans les différents projets, intégrant les aspects de traitement du signal, d’analyse statistique en grande dimension (normalisation, sélection de variables, développement de modèles prédictifs, analyse de réseaux moléculaires), et d’informatique (interrogation des bases de données, visualisation, intégration de données multi « omiques »). Il apportera sa contribution à l’amélioration, la mise en place et l’étude comparative d’outils existants, ainsi qu’au développement de nouveaux logiciels. Il pourra participer au déploiement d’une base de données et de systèmes d'information permettant de collecter, structurer, stocker et mettre en relation les données. L’ingénieur participera à la diffusion et à la valorisation des résultats et réalisations technologiques sous forme de rapports, brevets, publications, communications affichées ou orales. Il assurera la formation, en interne et en externe, aux principes et à la mise en œuvre des techniques de l'analyse des données et assurera une veille scientifique et technologique dans son domaine.

Profil / Compétences
Le (la) candidat(e) doit disposer d’un bon dossier en mathématiques appliquées (traitement du signal, statistiques et informatique), doit être motivé par les applications multidisciplinaires (santé, biologie, chimie), l’analyse de données de différents types d’instruments et le travail collaboratif. Il (elle) devra avoir une bonne maîtrise du langage R ainsi qu’une capacité d’expression écrite et orale en langue anglaise (niveaux B2 à C1).

Equipe adhérente personne morale SFBI
Equipe Non adhérente