Chercheur.e en génomique des polyploïdes, modèle canne à sucre

Type de poste
Niveau d'étude minimal
Dates
Durée du poste
Contrat renouvelable
Contrat non renouvelable
Date de prise de fonction
Date de fin de validité de l'annonce
Localisation
Nom de la structure d'accueil
Adresse

Avenue Agropolis
34398 Montpellier 5
France

Contacts
D'HONT Angélique
Email du/des contacts
dhont@cirad.fr
Description

Description du poste / de la mission

Vous travaillerez au sein de l'équipe de recherche "Structure et Evolution des Génomes". Vos recherches porteront sur la compréhension de l'architecture et de l'évolution des génomes d'espèces polyploïdes, avec pour modèle la canne à sucre, et les bases génétiques de caractères d'intérêt agronomique chez cette espèce. L'objectif appliqué de l'équipe est de traduire ces connaissances pour optimiser les stratégies d'amélioration variétale et d'exploitation des ressources génétiques, notamment dans le cadre de notre partenariat avec le programme d'amélioration variétale de la canne à sucre mené par la société eRcane à la Réunion. Ces recherches s'intègreront dans une dynamique transversale que l'UMR AGAP met en place sur l'analyse du génome et l'amélioration des plantes à génomes polyploïdes.

Vos activités porteront sur plusieurs aspects :

  • l'analyse de l'architecture, de la diversité et de la dynamique des génomes hautement polyploïdes et interspécifiques des cultivars de canne à sucre et des espèces à leur origine à partir de données de séquençage massif (WGS, GBS, …). Ces analyses nécessiteront le développement d'approches et d'outils bio-informatiques d'exploration de séquences génomiques, adaptées aux génomes polyploïdes et intégrant des considérations statistiques et probabilistes. Ils seront élaborés en interaction avec la plateforme de bioinformatique de l'UMR, selon les modalités en cours (mise à disposition de scripts, documentation, partages, formations, etc.).
  • le décryptage des bases génétiques de caractères d'intérêt agronomique en particulier la résistance aux maladies (rouille orange, SCYLV, …) par diverses approches intégrant la génomique et la génétique (génétique d'association, QTL), dans des travaux motivés par des finalités d'amélioration des stratégies de sélection variétale et menés en interaction avec les généticiens de l'équipe et de eRcane à la Réunion

Vous devrez également :

  • valoriser les résultats sous différentes formes de communications, dont des publications dans des revues internationales
  • participer au montage de projets nationaux ou internationaux
  • participer à l'encadrement de stagiaires ou doctorants
  • participer aux enseignements portés par l'unité participer aux animations internes à l'unité et institutionnelles

Les activités de capitalisation transversales à l'unité représenteront 20% du temps de travail

Profil souhaité

Le profil recherché correspond à un.e chercheur.e avec des compétences solides en génomique, génétique, bioinformatique et maitrisant les outils de biostatistique. Vous devrez en outre avoir :

  • une forte aptitude pour le travail en équipe
  • de bonnes capacités rédactionnelles
  • une très bonne maitrise de la langue française, ainsi qu'une bonne maîtrise de l'anglais
  • une bonne aptitude pour monter des projets et des collaborations nationales ou internationales
  • de bonnes capacités d'adaptation et être en capacité de travailler en expatriation
  • une bonne motivation pour la recherche en coopération pour le développement des pays du Sud
  • une expérience des pratiques de gestion des données (Plan Gestion des Données, pratique de partage de scripts, travail collaboratif) sera appréciée
  • une expérience d'enseignement sera appréciée

Contraintes du poste

Travail sur écran + 4 h

Poste ouvert aux Cadre

Salaire base France, hors indemnités d'expatriation 27-37 K€

Equipe adhérente personne morale SFBI
Equipe Non adhérente