Rôle des éléments transposables dans la variabilité phénotypique des groupes horticoles d’agrumes propagés végétativement

Type de poste
Niveau d'étude minimal
Dates
Durée du poste
Contrat renouvelable
Contrat non renouvelable
Date de prise de fonction
Date de fin de validité de l'annonce
Localisation
Nom de la structure d'accueil
Adresse

station INRAE
20230 San Giuliano
France

Contacts
François Luro
Patrick Ollitrault
Email du/des contacts
francois.luro@inrae.fr
patrick.ollitrault@cirad.fr
Description

Contexte en lien avec le projet ambition Corse : l’idéotype « clémentine » repose sur une structure génomique complexe d’origine interspécifique et s’est diversifié sans intervention de la recombinaison sexuée. Au sein du groupe variétal des clémentiniers, la diversité des traits agronomiques et de qualité résulte de mutations ponctuelles, de variations épigénétiques et du mouvement d’élément transposables qui ne sont pas traçable par les outils classiques de marquage moléculaire. Cependant, la traçabilité de la conformité variétale est un élément important pour une filière organisée autour d’une stratégie de différenciation des produits par des signes de qualité. Il est proposé (i) d’acquérir des connaissances sur les mécanismes moléculaires ayant généré la variabilité phénotypique, sélectionné par les agrumiculteurs, au sein des groupes horticoles propagés végétativement, comme celui du clémentinier et (ii) de développer à partir de ces connaissances des outils de traçabilité permettant des contrôles routiniers sur la conformité génétique des clémentiniers.

Questions de recherche : « Quels sont les composantes moléculaires motrices de la diversification des groupes horticoles propagés végétativement ? ». L’évolution réticulée des agrumes et la fixation (à différentes échelles temporelles) de structures génomiques complexes par l’apomixie partielle (polyembryonnie) ou les pratiques horticoles (greffage, bouturage) en font un modèle pertinent. La couleur sanguine de certains orangers liée au positionnement d’un élément transposable (ET) en amont du gène « ruby » est emblématique du rôle des rétrotransposons dans la diversification des orangers. Le CDD se focalisera sur la variabilité des ETs autour de deux questions de recherche principales conduites in silico (i) diversité et distribution des ETs dans les génomes des quatre espèces ancestrales des agrumes cultivés, (ii) diversité des sites d’insertions des Ets chez les clémentiniers. Un troisième volet concernera le développement d’outils de différenciation des différentes variétés de clémentinier, basée sur la variabilité de position des ETs.

Positionnement dans le projet scientifique d’AGAP (équipe Seapag) : l’identification des déterminants moléculaires de la variabilité phénotypique au sein des groupes horticoles à propagation végétative constitue un nouveau « front exploratoire » d’AGAP. L’équipe SEAPAG l’aborde, dans le cadre de la thèse CIFRE de Vincent Ferrer en partenariat avec Cointreau autour des orangers et des bigaradiers. Le CDD vise à renforcer ce nouvel axe de recherche avec une sortie concrète pour la filière Corse. Ce projet pourra s’appuyer sur les très importantes ressources génomiques générées dans les projet « Dynamo » et « Mare di agrumi » (séquences de novo de trois espèces ancestrales, séquençages mate-pair pour un ou deux représentants des principales espèces, re-séquençage pair ends d’environ 200 accessions de la collection). Le séquençage de novo (combinaison de séquençage long fragments –Nanopore- et de re-séquençage Illumina) d’une dizaine de variété de clémentinier aux phénotypes contrastés est programmé à l’automne 2020. https://umr-agap.cirad.fr/recherche/equipes-scientifiques2/evolution-et-amelioration-des-agrumes/contexte-et-enjeux

Collaborations externes : l’URGI (Florian Maumus) et équipe bioinfo AGAP Montpellier.

Appuis techniques internes : en bio-informatique (en local Gilles Costantino et à distance avec les équipe Bioinfo d’Agap Montpellier)

Possibilités de financement pour le fonctionnement: un cofinancement Région Corse / Europe est envisagé (activités inscrites dans le préprogramme FEDER dans la perspective d’une suite du projet Innov’Agrume dès janvier 2021).

Documents à fournir : CV + lettre de motivation dans laquelle le candidat s’attachera à démontrer l’adéquation de ses compétences, de sa formation et/ou de son expérience avec le sujet proposé.

Niveau d’étude minimum requis : Ingénieur ou doctorat

Compétences requises: maitrise des langages informatiques (R, Linux, Python) en vue des analyses Bio-informatiques des données issues de séquençage des génomes. Génétique végétale. Une expérience sur l’analyse des éléments transposables ou des séquences virales endogènes sera un plus.

Equipe adhérente personne morale SFBI
Equipe Non adhérente