Ingénieur en bioinformatique

Description du poste :
Ingénieur en bioinformatique spécialisé dans l’analyse de données "OMICS" et en particulier, mais pas exclusivement, de séquençage haut-débit WGSeq et RNASeq
Contexte :
L’équipe « Oncogenèse des Sarcomes » de l'ONCOPOLE de Toulouse recherche un ingénieur en bioinformatique pour ses projets de génomique.
Mission principale :
Analyse approfondie de données WGS, RNAseq, dans le cadre de projets de recherche à l’interface entre la clinique et la recherche fondamentale (étude des altérations du génome tumoral, et relation. avec le comportement clinique des tumeurs).
Activités principales :
• Création d’une base de données relationnelles de type SQL
• Analyse bioinformatique de données brutes de séquençage haut-débit de nouvelle génération (ADN, ARN) : contrôle qualité, alignement, appel et annotation des variants.
• Analyse combinatoire des données issues de séquençage de panel de gènes, de l’exome ou du génome entier, détection de variants (SNP, Indels, CNV, ...)
• Analyse des données de type RNA-seq et Single-cell RNA-seq
• Aide à l’interprétation des données et à la valorisation des résultats
• Veille bibliographique sur les nouveaux outils d’analyse des données de séquençage.
Contraintes du poste :

Compétences principales requises :
• Maitrise d’un ou plusieurs langages de programmation (Python, Perl…) et de scripting (Bash…)
• Connaissance du logiciel R
• Maitrise des statistiques associées aux questions abordées et cohortes utilisées
• Maitrise des logiciels d’analyse : BWA, SAMTools, BEDtools, VCFtools, Picard, GATK, …
• Maitrise de l’Environnement UNIX
• Maitrise du travail sur cluster de calculs
• Conception et gestion de bases de données (MySQL)
• Connaissance des bases publiques de données de génomique
• Maitrise de l’anglais scientifique
Aptitudes :
• Capacité à travailler en équipe, à communiquer, à vulgariser et à transmettre ses connaissances.
• Intérêt dans la recherche interdisciplinaire biologie/médecine.
• Méthode et rigueur dans l’analyse, la hiérarchisation et le stockage des données obtenues.
Diplôme et expérience requis :
• Master en Bioinformatique (ou en biologie avec expérience professionnelle en bioinformatique)
• Expérience professionnelle préalable requise