Ingénieur en bioinformatique

Type de poste
Niveau d'étude minimal
Dates
Durée du poste
Contrat renouvelable
Contrat renouvelable
Date de prise de fonction
Date de fin de validité de l'annonce
Localisation
Nom de la structure d'accueil
Adresse

2 aven ue Hubert Curien
31037 Toulouse 1
France

Contacts
Frederic CHIBON
Email du/des contacts
frederic.chibon@inserm.fr
Description

Description du poste :
Ingénieur en bioinformatique spécialisé dans l’analyse de données "OMICS" et en particulier, mais pas exclusivement, de séquençage haut-débit WGSeq et RNASeq
Contexte :
L’équipe « Oncogenèse des Sarcomes » de l'ONCOPOLE de Toulouse recherche un ingénieur en bioinformatique pour ses projets de génomique.
Mission principale :
Analyse approfondie de données WGS, RNAseq, dans le cadre de projets de recherche à l’interface entre la clinique et la recherche fondamentale (étude des altérations du génome tumoral, et relation. avec le comportement clinique des tumeurs).
Activités principales :
• Création d’une base de données relationnelles de type SQL
• Analyse bioinformatique de données brutes de séquençage haut-débit de nouvelle génération (ADN, ARN) : contrôle qualité, alignement, appel et annotation des variants.
• Analyse combinatoire des données issues de séquençage de panel de gènes, de l’exome ou du génome entier, détection de variants (SNP, Indels, CNV, ...)
• Analyse des données de type RNA-seq et Single-cell RNA-seq
• Aide à l’interprétation des données et à la valorisation des résultats
• Veille bibliographique sur les nouveaux outils d’analyse des données de séquençage.
Contraintes du poste :

Compétences principales requises :
• Maitrise d’un ou plusieurs langages de programmation (Python, Perl…) et de scripting (Bash…)
• Connaissance du logiciel R
• Maitrise des statistiques associées aux questions abordées et cohortes utilisées
• Maitrise des logiciels d’analyse : BWA, SAMTools, BEDtools, VCFtools, Picard, GATK, …
• Maitrise de l’Environnement UNIX
• Maitrise du travail sur cluster de calculs
• Conception et gestion de bases de données (MySQL)
• Connaissance des bases publiques de données de génomique
• Maitrise de l’anglais scientifique
Aptitudes :
• Capacité à travailler en équipe, à communiquer, à vulgariser et à transmettre ses connaissances.
• Intérêt dans la recherche interdisciplinaire biologie/médecine.
• Méthode et rigueur dans l’analyse, la hiérarchisation et le stockage des données obtenues.
Diplôme et expérience requis :
• Master en Bioinformatique (ou en biologie avec expérience professionnelle en bioinformatique)
• Expérience professionnelle préalable requise

Equipe adhérente personne morale SFBI
Equipe Non adhérente