M2 - Caractérisation pathogénique et moléculaire de différentes souches bactériennes phytopathogènes

Type de poste
Niveau d'étude minimal
Dates
Durée du poste
Contrat renouvelable
Contrat non renouvelable
Date de prise de fonction
Date de fin de validité de l'annonce
Localisation
Nom de la structure d'accueil
Adresse

3 rue florimond desprez
59242 Cappelle en pevele
France

Contacts
Auriane Fourrier (RH)
Email du/des contacts
Auriane.FOURRIER@florimond-desprez.fr
Description

Société familiale indépendante créée en 1830, Florimond Desprez a conservé ses racines agricoles, sa dimension humaine et sa compétitivité en devenant un acteur majeur sur des marchés bien ciblés.
Dès l'origine à l'avant-garde des évolutions scientifiques qui ont marqué l'histoire de l'amélioration des plantes, Florimond Desprez, par ses travaux de recherche et grâce à son développement international, est à la pointe de l'innovation.
Maîtrisant, dans ses laboratoires de biotechnologies, de qualité industrielle et de technologie des semences, les techniques permettant d'accroître l'efficacité des programmes de sélection et de production de semences, Florimond Desprez se donne les moyens de contribuer au dynamisme de l'agriculture et de ses filières agroalimentaires.
Description du stage
Le stage se déroulera au sein du Laboratoire de Phytopathologie (SmartPath) spécialisé dans l’étude des maladies et ravageurs des plantes. Le stagiaire travaillera également en partenariat avec le Laboratoire de Génétique et Biométrie (LGB) dans une équipe composée de bio-informaticiens en charge de l’analyse des données génomiques.
Le but du stage est d’identifier des gènes candidats impliqués dans la pathogénie (virulence/agressivité) et le quorum sensing (système de communication interne des bactéries) de différentes souches bactériennes. Pour appréhender ce sujet de recherche confidentiel, le ou la stagiaire se familiarisera avec l’agent pathogène et la maladie grâce à une veille bibliographique et aux connaissances acquises au sein du laboratoire. Il/elle aura pour missions :
 De participer à la mise en place d’un bioessai avec trois souches bactériennes afin de vérifier la virulence et le niveau d’agressivité des souches sur la plante hôte ;
 De comparer les séquences géniques (travail sur un cluster de calcul) des souches bactériennes afin d’identifier i) des gènes candidats associés à la virulence et à l’agressivité de l’agent pathogène et ii) des gènes impliqués dans le quorum sensing ;
 D’analyser en détail certaines séquences génomiques afin de générer des marqueurs diagnostiques distincts pour chacune des souches bactériennes.
Ce stage inclut le déplacement (quelques jours) dans un institut de recherche belge partenaire sur ce sujet de recherche (frais de déplacement pris en charge par l’entreprise).

Profil recherché

• Niveau d’étude : Bac +5 Master2 Bio-informatique ou école d’ingénieur
• Maitrise des commandes de bases sous Linux et la connaissance de logiciels d’alignement et de comparaison de séquences serait un plus (Blast, ClustalO, Treeview, Mummer, PATRIC, Mauve, Artemis Comparison Tool)
• Autonomie et rigueur dans le travail
• Bonnes connaissances en anglais
• Bon sens de l’organisation et capacité à travailler en équipe

Conditions

Stage de 6 mois basé à Cappelle-en-Pévèle (Nord, 59), de janvier à juillet 2020. Indemnité de stage selon règlementation en vigueur. Possibilité d’hébergement sur place pendant la durée du stage.

Equipe adhérente personne morale SFBI
Equipe Non adhérente