M2 - Mise à jour d’une base de données de variants génétiques et développement de son interface Web

Type de poste
Niveau d'étude minimal
Dates
Durée du poste
Contrat renouvelable
Contrat renouvelable
Détails de renouvellement
CDD ingénieur étude 2 ans
Date de prise de fonction
Date de fin de validité de l'annonce
Localisation
Nom de la structure d'accueil
Adresse

28, Avenue Valombrose
06107 Nice Cedex 2
France

Contacts
Gael Cristofari
Sophie Lanciano
Email du/des contacts
Gael.Cristofari@univ-cotedazur.fr
Sophie.Lanciano@univ-cotedazur.fr
Description

Contexte de travail :
Le stagiaire travaillera dans un environnement stimulant au sein de l’équipe « Rétrotransposons et plasticité du génome » dirigée par Gael Cristofari (https://ircan.org) à l'IRCAN à Nice. Cette équipe est reconnue internationalement pour ses recherches sur les éléments transposables ou gènes sauteurs. Le stagiaire sera co-encadré par Sophie Lanciano, chercheuse junior spécialisée dans l’analyse bio-informatique des données génétiques dans l’équipe.

Sujet d'étude :
Les technologies de séquençage de l’ADN ont mené la génomique à l’ère du big data. Les quantités phénoménales de données génétiques générées nécessitent d'être stockées et interrogeables de façon aisée par la communauté scientifique. Notre équipe s'intéresse à l'impact d’éléments génétiques, les rétrotransposons, sur la physiologie et la santé humaine. Ces séquences d'ADN sont capables de se multiplier et de s'insérer aléatoirement dans le génome. Aussi, chaque individu possède des insertions qui lui sont propres ou qui sont partagées par un petit nombre d'individus dans la population, mais qui ne sont pas répertoriées dans le génome humain de référence. Afin d'identifier les insertions qui peuvent être associées à des pathologies (maladies génétiques, cancer) ou à certains phénotypes, il est essentiel de disposer d'un catalogue fiable des insertions connues. En 20151, notre équipe a développé et construit la base de données euL1db qui répertorie tous les rétrotransposons de la classe L1 (la seule active chez l'Homme) connus (http://euL1db.unice.fr).

Objectifs :
Récemment, nous avons redesigné la structure de la base de données (mySQL) et nous souhaiterions implémenter une API afin d’interagir avec cette nouvelle structure. Le but du stage est donc d’injecter les données dans la nouvelle structure ainsi que de réécrire une partie de l'interface qui permet d'interroger la base de données afin de permettre à l'utilisateur d'extraire un maximum d'information, notamment en permettant le croisement avec d'autres bases de données publiques ainsi que de mettre en place une procédure semi-automatique de mise à jour et de soumission de nouvelles données dans la base. Une nouvelle interface web sera également développée.

Possibilité d’un contrat CDD ingénieur d’étude de 2 ans après la période de stage.

Compétences attendues :
- Maîtrises des langages de programmation Python, Linux/Unix
- Installer et configurer un serveur SQL (MySQL)
- Connaissances dans la création et l’hébergement de sites web avec PHP/MySQL
- Rigueur dans l'écriture et l'annotation des scripts et de leur documentation
- Capacités organisationnelles, présentation synthétique et didactique des résultats

Pour postuler :
Les candidatures comprenant CV détaillé, lettre de motivation et références professionnelles ou académiques (avec emails de personnes à contacter) seront adressées à : sophie.lanciano@unice.fr ou gael.cristofari@unice.fr

Equipe adhérente personne morale SFBI
Equipe Non adhérente