M2: génomique

Type de poste
Niveau d'étude minimal
Dates
Durée du poste
Contrat renouvelable
Contrat non renouvelable
Date de prise de fonction
Date de fin de validité de l'annonce
Localisation
Adresse

58 avenue Paul Alduy
66000 PERPIGNAN
France

Contacts
Marie Mirouze
Olivier PANAUD
Email du/des contacts
marie.mirouze@ird.fr
panaud@univ-perp.fr
Description

L'adaptation rapide des organismes à un environnement changeant est une question majeure en biologie et dans le contexte du réchauffement climatique.
Depuis Darwin nous savons que la sélection naturelle s'exerce sur la variation naturelle préexistante.
Nous nous intéressons aux mécanismes moléculaires qui génèrent cette diversité, en particulier l'ADN extrachromosomique (réf.1) et la variation du nombre de copies de gènes (CNV) (réf.2). Des études récentes chez la levure montrent qu'un stress peut induire la formation d'ecDNA conduisant à une adaptation. Dans les cellules cancéreuses la formation d’ecDNA est également à l’origine de CNV impliqués dans le processus d’oncogénèse. Cependant chez les plantes ces mécanismes sont peu explorés.
Au cours du stage, deux questions seront abordées : (1) L'accumulation d'ecDNA peut-elle stimuler les CNV chez les plantes ? (2) Quelle est l’ampleur des CNV dans des populations naturelles de plantes ?
Pour répondre à ces questions le stage consistera à analyser des données génomiques avec séquençage "mobilome-seq" (réf.1) et Nanopore (modèle
Arabidopsis thaliana), et à réaliser des analyses de génomique d’association (GWAS) à partir de données de CNV déjà disponibles au niveau mondial (3000
génomes de riz, réf.3) et local (100 génomes d’A. thaliana). En étudiant ces deux espèces, ce stage permettra de mieux comprendre le rôle adaptatif des ecDNA chez
les plantes.

Nous recherchons un(e) étudiant(e) motivé(e) avec un intérêt pour la génomique.
Références:
1. Sequencing the extrachromosomal circular mobilome reveals retrotransposon activity in plants (2017). Lanciano S, Mirouze M. PLoS Genetics. 13(2):e1006630. doi :
10.1371/journal.pgen.1006630.
2. Consequences of chromosomal segment duplication events on global gene expression, 3D organization and plant-pathogen response (2020) Picart-Picolo A, .., Mirouze M,Pontvianne F. Genome Research (in press).
3. Retrotranspositional landscape of Asian rice revealed by 3000 genomes (2019). Carpentier MC, .., Panaud O. Nature Communications, 10(1):24. doi: 10.1038/s41467-018-07974-5

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