[stage M2 bioinfo] Régulation de l'épissage alternatif et cancer

Type de poste
Niveau d'étude minimal
Dates
Durée du poste
Contrat renouvelable
Contrat non renouvelable
Date de prise de fonction
Date de fin de validité de l'annonce
Localisation
Adresse

26 rue d'ulm
75005 Paris
France

Contacts
Nicolas Servant
Thierry Dubois
Email du/des contacts
nicolas.servant@curie.fr
thierry.dubois@curie.fr
Description

Régulation de l’épissage alternatif par les protéines arginines méthyltranférases dans les cancers du sein triple-négatifs : analyse de puces transcriptomiques et de données de RNAseq

Les cancers du sein triple-négatifs (TNBC) sont associés à un mauvais pronostic en raison d’un risque élevé de rechute après traitement par chimiothérapie. Une meilleure compréhension de la biologie des TNBC pourrait permettre de proposer de nouvelles pistes thérapeutiques. Certaines protéines arginine méthyltransférases (PRMT4 et PRMT5) sont surexprimées dans les cancers TNBC, et pourraient représenter de nouvelles cibles thérapeutiques. Ces enzymes transfèrent un ou deux groupe(s) « méthyl » sur des arginines de certaines protéines, ce qui, à l’instar de la phosphorylation, régulent leurs fonctions et de nombreuses voies de signalisation.
Parmi d’autres fonctions, PRMT4 et PRMT5, régulent la transcription et l’épissage alternatif. Le projet de master consiste à analyser des données transcriptomiques dans le but d’identifier les ARNs (expression et épissage alternatif) régulés par PRMT4 et PRMT5 dans des lignées de cancer du sein TNBC. Le/la candidat(e) analysera des données de puces transcriptomiques affymetrix (Clariom D) et de RNAseq provenant de cellules TNBC déplétées ou inhibées pour PRMT4 ou PRMT5. Il/elle mettra en place les processus d'analyse de données complet (contrôle qualité, analyse primaire et secondaire) en se basant sur les packages/outils bioinformatiques disponibles dans la littérature. Le projet permettra d'acquérir de bonnes compétences en unix/bash, R, analyse de données NGS et biologie des ARNs.

Le/la candidat(e) sera encadré(e) par un biologiste (Thierry Dubois, laboratoire Biologie du Cancer du sein, Institut Curie) et un bioinformaticien (Nicolas Servant, Inserm U900, Cancer et Génome : Bioinformatique, Biostatistiques et Epidémilogie, Institut Curie).

Equipe adhérente personne morale SFBI
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