Ingénieur de recherche - Responsable de la Plateforme intégrative en Bioinformatique et Biostatistique iPOP-UP (Integrative Platform for Omics Projects at Université de Paris)

Type de poste
Niveau d'étude minimal
Dates
Durée du poste
Contrat renouvelable
Contrat non renouvelable
Date de prise de fonction
Date de fin de validité de l'annonce
Localisation
Adresse

Bâtiment Lamarck A et B, UMR7216 Épigénétique et Destin cellulaire (EDC)
35, rue Hélène Brion
75205 PARIS 13
France

Contacts
Valérie MEZGER
Pierre TUFERRY
Franck LETOURNEUR
Michel WERNER
Email du/des contacts
valerie.mezger@univ-paris.diderot.fr
pierre.tuffery@univ-paris-diderot.fr
franck.letourneur@inserm.fr
Michel.WERNER@ijm.fr
Description

Contexte
La plateforme iPOP-UP (Integrative Platform for Omics Projects at Université de Paris) est une Plateforme multi-sites couvrant les techniques de Omics et de Bioinformatique structurale et chimio-informatique. Elle a pour but d'aller vers l'intégration de différents types de données à haut débit. iPOP-UP repose sur les expertises déjà présentes au sein des plateformes et des équipes des différents Instituts de la faculté des sciences de l’Université de Paris avec lesquelles l’ingénieur.e. interagira : l’Institut Cochin, l’Institut Necker Enfants Malades et l’Institut Imagine, les Saints-Pères, la Faculté de Pharmacie, l’ITODYS, l’Hôpital Robert Debré , les Unités du Campus des Grands-Moulins (Institut Jacques Monod ; Unité Biologie fonctionnelle et adaptative (Plateforme RPBS) ; Unité Épigénétique et Destin cellulaire). iPOP-UP fonctionne donc comme un agrégateur et un développeur de compétences au sein de l’Université de Paris (UP) pour le bénéfice des projets de recherche en sciences fondamentales de la vie et de la recherche biomédicale. Elle est adossée à deux infrastructures nationales : l’Institut Français de Bioinformatique (IFB) et ChemBioFrance.

Mission
L’ingénieur.e de recherche sera en charge de fédérer et de coordonner les activités et expertises, ainsi que leur développement en bioinformatique génomique fonctionnelle, présentes sur les différentes plateformes du périmètre du projet iPOP-UP, qui est financé pendant 30 mois par un projet IdEx de l’Université de Paris. Elle/il sera en charge de l’animation du réseau de bioinformaticiens de l’UP. Elle/il assurera un rôle clé d’orientation et de conseil des utilisateurs, ainsi que du suivi des demandes qui pourront mobiliser plusieurs plateformes du réseau. Elle/Il participera à la conception, au développement et à la diffusion des outils et méthodologies d’analyse de données en génomique fonctionnelle, du traitement des données brutes jusqu’à l’interprétation et la valorisation des résultats. En coordination avec les experts des différentes plateformes locales, elle/il sera en charge d’organiser le guichet d’entrée où s’adresseront les utilisateurs et elle/il participera activement à la mise en place de formations adaptées.

Avantages
Ce poste à responsabilité offre l’avantage d’un contexte de travail d’une grande diversité technologique et scientifique. Par les interactions fréquentes et de qualité qu’il suppose avec les bioinformaticiens biologistes computationnels des divers sites, il offre un environnement extrêmement stimulant et dynamique.
Le cadre de travail
L’ingénieur.e sera basé.e dans le Bâtiment Lamarck A, au 3ème étage (salles 327 et 329, 50 m2), en articulation avec la Plateforme de Bioinformatique et Biostatistique (BIBS) de l’UMR7216 Épigénétique et Destin cellulaire (EDC), dirigée par Magali Hennion (IR CNRS ; EDC) ainsi qu’avec les ressources de calcul mutualisées sur iPOP-UP (gérées par la Plateforme de Bioinformatique structurale RPBS ; Lamarck A 4ème et 5ème étages*). Cette localisation permettra à l’ingénieur.e de superviser au mieux la qualité du travail des utilisateurs, issus des divers Instituts de l’UP, qui viendront sur la Plateforme afin d’être guidés dans leurs choix pour les analyses et accompagnés dans le développement d’outils adaptés à leurs projets.
Des locaux dédiés aux formations pour les utilisateurs de iPOP-UP sont disponibles dans le Bâtiment Lamarck A et seront à terme complétés par des salles dans l’Institut Jacques Monod et l’Institut Cochin.
L’ingénieur.e participera au Comité technique de iPOP-UP composé de responsables de Plateformes des Instituts partenaires au sein de l’UP et d’expert de l’IFB. Ce Comité a pour missions de proposer et de valider des solutions techniques (hardware or software). Il interviendra en articulation avec le Comité Scientifique et le Comité de Direction de iPOP-UP et fera partie de la TaskForce (en charge des déploiement opérationnels).

L’agent recruté sera sous la responsabilité directe du Comité de Direction de iPOP-UP.
L’UMR7216 est localisée dans le Bâtiment Lamarck - 35 rue Hélène Brion – Paris 13e.
* NB : Un IR Administrateur-Système a été recruté pour gérer spécifiquement les ressources de calcul et les adapter aux besoins des analyses et au développement des projets au sein de iPOP-UP.
Activités
- Coordonner et fédérer les Plateformes du projet iPOP-UP sur l’Université de Paris.
- Accompagner les responsables de plateformes pour la mise en place de la standardisation et de la structuration des méthodologies d’analyses
- Accompagner les responsables de plateformes pour la mise en place d’un guichet d’utilisateur et son fonctionnement (ex : une demi-journée par semaine dédiée avec les experts correspondants)
- Mettre à disposition (ou aider à la mise à disposition) des outils développés, scripts et analyses réalisées
- Concevoir, proposer de nouvelles approches d’analyses et d’interprétation des données
- Assurer la formation, le conseil et l’accompagnement des membres des unités associées à iPOP-UP dans leurs projets d’analyse de données
- Diffuser et/ou participer à la valorisation des réalisations de la plateforme sous forme de présentations lors de séminaires internes ou externes
- Assurer la veille scientifique et technologique dans le traitement des données à haut débit.
- Travailler en concertation et collaboration avec les divers responsables des plateformes de bioinformatique de l’UP.
- Travailler en équipe ; animer des hackathons.
- 1 jour par semaine : Walk-in service dans une des plateformes.

Compétences
Savoirs :
- Maîtrise des méthodes et outils d’analyse et du traitement des données «omiques»
- Maîtrise des outils mathématiques et statistiques du traitement des données
- Connaissances de langages de programmation (exemple : R, Python, Bash)
- Connaissances de base en sciences de la vie et en biologie moléculaire
- Expression et compréhension orale et écrite en anglais (niveau 2)

Savoirs faire :
- Maîtrise des méthodologies de gestion de projet (bio)informatique
- Capacité à évaluer et garantir la qualité et la pertinence des outils d’analyse
- Aide à la mise à disposition des outils développés
- Capacité à assurer le suivi et la valorisation de ces outils et méthodes d’analyse
- Capacité à intervenir dans les séminaires internes à la plateforme et les réunions concernant la bioinformatique des unités associées à la plateforme
- Capacités à interagir avec les autres ingénieurs de la plateforme

Savoirs-être :
- Savoir travailler et interagir avec des biologistes et des bio‐informaticiens
- Veiller au respect des bonnes pratiques en termes de sécurité et sauvegarde des données (éventuellement exigences éthiques dans le cas de données personnelles/médicales associées)
- Savoir respecter les calendriers et les consignes

Les contraintes liées au poste
L’ingénieur.e, pourra être amené.e à se déplacer sur les différents instituts parisiens du périmètre de iPOP-UP (Club Bioinformatique tournant sur les différents Instituts ; journées scientifiques iPOP-UP ; organisation de Hackathons orientés sur la biologie intégrative etc.).

Equipe adhérente personne morale SFBI
Equipe Non adhérente