Bioinformaticien en analyse de données transcriptomique

Type de poste
Niveau d'étude minimal
Dates
Durée du poste
Contrat renouvelable
Contrat non renouvelable
Détails de renouvellement
Possibilité de renouvellement pour un an supplémentaire
Date de prise de fonction
Date de fin de validité de l'annonce
Localisation
Nom de la structure d'accueil
Adresse

Campus scientifique de Luminy
13009 Marseille
France

Contacts
Marc Bajenoff
Email du/des contacts
bajenoff@ciml.univ-mrs.fr
Description

Missions:
Le projet TARMAC financé par l’INCa vise à disséquer l'homéostasie et la fonction cancérogène des macrophages résidents dans les tissus via l’utilisation de modèles murins. L’ingénieur(e) aura à sa charge les analyses de données de transcriptomes en RNA-seq et Single-cell RNA-seq en coordination avec la plateforme de bio-informatique du CIML. Il devra rendre des rapports d’analyse clairs et détaillés et les communiquer à son équipe.

Activités principales:
* Intégrer le projet de recherche cité, assimiler les questions biologiques posées et mettre au point un plan d'analyse bio-informatique adapté.
* Analyse de données RNA-seq et Single-Cell RNA-seq.

Activités associées :
* Communication scientifique interne et externe.
* Participation aux lab meeting de son équipe
* Participation aux rencontres de la communauté des bio-informaticiens du centre.

Connaissances:
* Bonne connaissance en calcul d’expression différentielle et en enrichissement fonctionnel.
* Bonnes connaissances en statistiques générales (statistiques descriptives, testd’hypothèse...)
* Une connaissance des méthodes d’analyses en single-cell RNA-seq serait un plus.

Savoir-faire:
* Capacités organisationnelles, présentation synthétique des résultats scientifiques.
* Bonne communication avec les bio-informaticiens et les chercheurs en biologie.
* Intérêt pour les questions biologiques.

Aptitudes:
* Volonté d'évolution
* Intérêt pour l'acquisition de nouvelles méthodes et connaissances

Spécificité(s) /Contrainte(s)du poste:
L'ingénieur intégrera l’équipe de recherche de Marc BAJENOFF au sein du CIML où il/elle sera encadré par le directeur de recherche, un chercheur post-doctorant et par un ingénieur de recherche de la plateforme de bio-informatique du CIML. Au sein de la plateforme, il/elle recevra une éducation aux méthodologies d'analyse utilisées dans le centre et sera formé surles outils employés pour assurer la reproductibilité des résultats (Open Science / FAIR data).

Equipe adhérente personne morale SFBI
Equipe Non adhérente