M1/M2 - Implémentation d’un score de risque génétique en sclérose en plaque

Type de poste
Niveau d'étude minimal
Dates
Durée du poste
Contrat renouvelable
Contrat non renouvelable
Date de prise de fonction
Date de fin de validité de l'annonce
Localisation
Adresse

30 boulevard Jean Monnet
44093 Nantes
France

Contacts
Nicolas Vince
Email du/des contacts
nicolas.vince@univ-nantes.fr
Description

Contexte : La sclérose en plaques (SEP) est une pathologie chronique auto-immune, neuro-inflammatoire et neurodégénérative, débilitante et génétiquement complexe, qui se manifeste chez les jeunes adultes, généralement vers 25-35 ans (bit.ly/35P1lQU). En France, plus de 110 000 personnes souffrent de SEP, c'est la première cause de handicap chez les jeunes adultes après les traumatismes ; chaque année, 5 000 nouveaux cas sont diagnostiqués dont environ 75 % de femmes. De remarquables progrès thérapeutiques sont intervenus ces dernières années avec de nouveaux médicaments disponibles (ex. Natalizumab). Au cours des 10 dernières années, plusieurs études pangénomiques ont identifié plus de 200 régions génomiques associées à la SEP (Baranzini et al., TIG, 2017). La plus forte association génétique se situe au niveau du gène HLA-DRB1 avec l’allèle HLA-DRB1*15:01 (odd ratio ~3,0). En comparaison, la plupart des 200 facteurs de risque génétiques identifiés jusqu'à présent n'ont qu'un faible effet sur la susceptibilité à la SEP (odd ration 1,1 à 1,2). Cette architecture génétique complexe peut être utilisée pour dresser le profil des individus au moyen d'un score de risque polygénique afin de résumer leur susceptibilité à la maladie (Torkamini et al., NatRevGen, 2018). En sclérose en plaques, un premier score a été mis au point il y a quelques années, le MSGB (Multiple Sclerosis Genetic Burden ; Gourraud et al., AnnNeur, 2011), qui doit maintenant être affiné grâce aux nouvelles connaissances génétiques accumulées.

Objectifs de travail : L’objectif de ce travail est d’étudier l’évolution du MSGB au cours des différente découvertes génétiques des 10 dernières années. Un second objectif sera de proposer un nouveau score de risque polygénique en s’appuyant sur les nouvelles méthodes développées récemment. L’étudiant devra se familiariser avec les données génétiques de type GWAS et implémenter le score déjà existant. Puis, à l’aide d’un travail bibliographique (déjà disponible en partie), récupérer les différents variants génétiques identifiés au cours du temps et leur taille d’effet (odd ratio) sur la SEP afin d’étudier l’évolution du MSGB. Enfin, un nouveau score, éventuellement en utilisant des méthodes de machine learning, devra être proposé.

Les dates de début et de fin peuvent être ajustées selon vos calendriers de stage.

Equipe adhérente personne morale SFBI
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