Développement de la technologie « long reads » Oxford Nanopore Technologies (ONT) pour la caractérisation génomique de micro-organismes pathogènes de mollusques marins.

Type de poste
Niveau d'étude minimal
Dates
Durée du poste
Contrat renouvelable
Contrat non renouvelable
Date de prise de fonction
Date de fin de validité de l'annonce
Localisation
Adresse

Station Ifremer de La Tremblade
Avenue de Mus de Loup
17390 La Tremblade
France

Contacts
Germain Chevignon
Email du/des contacts
germain.chevignon@ifremer.fr
Description

Titre du Stage : Développement de la technologie « long reads » Oxford Nanopore Technologies (ONT) pour la caractérisation génomique de micro-organismes pathogènes de mollusques marins.

Mots-clés : Pathogènes, virus à herpès, OsHV-1, Vibrio aestuarianus, mollusques, huitres, Crassostrea gigas, séquençages, lectures longues, Oxford Nanopore Technologies, génomes, évolution.

Problématique du stage :
Depuis ces dernières années, l'huître creuse Crassostrea gigas a subi des événements de mortalité importants associés à la détection d’un herpès-virus (OsHV-1) et d’une bactéries Vibrio aestuarianus. Jusqu'à présent, la diversité de ces micro-organismes a été principalement caractérisée par des analyses microsatellites ou des analyses de régions multi-génomiques et, plus récemment, par le séquençage à haut débit basé sur une approche à lecture courte (Illumina). Ce type de séquençage est idéal pour obtenir un grand nombre de lectures permettant une bonne estimation des variations de séquence entre les haplotypes mais conduit à des incertitudes concernant l'architecture et l'organisation à plus grande échelle de ces génomes. Récemment, des techniques de séquençage de troisième génération à base de lectures longues ont été développées par Oxford Nanopore Technologies (ONT) et offrent une solution aux limites du séquençage à lecture courte.
Le projet de stage de master 2 vise à obtenir des lectures longues pour étudier la diversité structurale à l’échelle du génome du virus d’OsHV-1 et de la bactérie V. aestuarianus. La première partie du projet sera consacrée au développement et à l'optimisation de toutes les étapes techniques nécessaires pour obtenir du matériel biologique de grande qualité (ADN de haut poids moléculaire) adapté pour le séquençage ONT. La deuxième partie du projet concernera le développement de pipelines d’analyse bio-informatiques pour le traitement des données « long reads » issus du séquençage ONT.

Objectif du stage :
- Tester et optimiser différentes méthodes d’extraction d’ADN appliquées à un virus et à une bactérie infectant un mollusque marin.
- Estimer la quantité et la qualité des ADN extraits par dosage fluorométrique et spectrophotométrique et par électrophorèse microfluidique.
- Évaluer les différents kits de préparation de librairies pour des finalités de séquençage de génomes entiers et / ou de régions ciblées.
- Développement de pipelines bio-informatiques pour contrôler la qualité du séquençage, trier, assembler et annoter les séquences longues obtenues.
- Établir des cartes d’identités des architectures génomiques de différents haplotypes viraux et de différentes souches bactériennes.
- Identifier des régions génomiques d’intérêts pour améliorer la détection et la classification de ces micro-organismes pathogènes.

Profil de candidature souhaité :

Stagiaire ingénieur(e) en mémoire de fin d’étude ou de Master 2.
Le / la candidat(e) idéal aura une double compétence en biologie moléculaire et en bio-informatique.
En biologie moléculaire :
- Extraction, dosage et contrôle qualité de l’ADN.
- PCR et préparation de librairie de séquençage.
En bio-informatique :
- Maitrise de l’environnement Unix.
- Connaissance et expérience en analyse de données de séquençage haut-débit.
Le / la candidat(e) aura un intérêt pour la génomique virale, le génomique bactérienne et la biologie évolutive. Nous invitons les candidats n’ayant qu’une des deux compétences demandées à postuler s’ils ont une appétence particulière pour apprendre et développer de nouvelles compétences que ce soit en biologie moléculaire ou en bio-informatique !

Structure d’accueil :
L’Institut français de recherche pour l’exploitation de la mer, l’Ifremer, a pour mission de contribuer à la connaissance des océans et de leurs ressources, à la surveillance du milieu marin et littoral et au développement durable des activités maritimes. L’Ifremer est source de connaissance, d’innovation, de données de surveillance et d’expertise pour le monde de la mer, à la fois en matière de politique publique et d’activité socio-économique. Il est la seule structure de ce type en Europe. Fondé en 1984, l'Ifremer est un établissement public à caractère industriel et commercial (EPIC), placé sous la tutelle conjointe du ministère de l'Enseignement supérieur, de la Recherche et de l’Innovation, du ministère de la Transition écologique et solidaire et du ministère de l’Agriculture et de l’Alimentation.
Le Laboratoire de Génétique et Pathologie des Mollusques Marins (LGPMM) situé à la station de La Tremblade (17) mène des projets relatifs à : 1) l’étude des maladies affectant les mollusques marins, et 2) la connaissance des génomes, la domestication et l’amélioration des bivalves.

Encadrement :
- Germain Chevignon, chercheur Ifremer, biologiste moléculaire et bio-informaticien.
- Benjamin Morga, chercheur Ifremer, biologiste moléculaire et virologue.
- Lydie Canier, ingénieure Ifremer, surveillance en santé animale et responsable du Laboratoire de Référence de l’Union Européenne (LRUE).
- Isabelle Arzul, chercheuse Ifremer, parasitologiste et co-responsable du Laboratoire de Référence de l’Union Européenne (LRUE).

Candidature :
Les candidatures sont ouvertes jusqu’à ce que le poste soit pourvu.
Durée du stage : 6 mois, début envisagé janvier / février 2021.
Pour candidater, merci d’envoyer CV et lettre de motivation à germain.chevignon@ifremer.fr

Equipe adhérente personne morale SFBI
Equipe Non adhérente