Développement d’un pipeline d’identification de variations structurelles pour guider la création de pangenome

Type de poste
Niveau d'étude minimal
Dates
Durée du poste
Contrat renouvelable
Contrat non renouvelable
Date de prise de fonction
Date de fin de validité de l'annonce
Localisation
Nom de la structure d'accueil
Adresse

1228 chemin de l'Hobit BP27
31790 Saint Sauveur
France

Contacts
Cedric Muller
Email du/des contacts
cedric.muller@syngenta.com
Description

STAGE
Développement d’un pipeline d’identification de variations structurelles pour guider la création de pangenome

Environnement :
Crée en 2000, le groupe Syngenta est aujourd’hui leader mondial dans son secteur et apporte des solutions en semences et protection des cultures aux agriculteurs du monde entier. Syngenta œuvre au côté des agriculteurs et avec l’ensemble de la filière agricole pour une agriculture compétitive et responsable qui soit également génératrice de valeur. La réussite de Syngenta repose sur quatre piliers clés : l’innovation, la proximité, une large gamme d’offres et l’accompagnement des agriculteurs. https://www.syngenta.fr/
Ce stage, basé sur le site de Syngenta Seeds France au Toulouse Innovation Center de Saint-Sauveur (Nord de Toulouse).

Contexte :
Dans le cadre d’études de la diversité génétique des espèces cultivées Syngenta a mis en place des programmes de séquençage de génomes complets. Ces études permettent de guider les programmes de sélection et le développement de nouvelles lignées.

Description du stage :
L’équipe bio-informatique a mis en place un processus d’analyse permettant la comparaison de génomes assemblés pour transférer les informations de polymorphismes, de marqueurs moléculaires et d’annotation de gènes entre génomes.
Le/la stagiaire aura pour mission d’implémenter une nouvelle fonction afin d’identifier les variations structurelles existantes en exploitant les informations de ces comparaisons de génome. Il/elle participera aussi à la création de pangénome utilisant ces variations structurelles et sera en interaction avec un doctorant travaillant au développement d’outils de visualisation de pangenome.
Les développements devront suivre les règles de bonne pratique imposées par la plateforme de bio-informatique.

Profil requis :
- Dernière année de Formation Supérieure BAC + 5
- Connaissances : Bio-informatique. Base de la génomique végétale.
- Compétences opérationnelles : langage de programmation : perl/python/Julia
- Langues : Français et Anglais

Descriptifs :
- Organisme : Syngenta Seeds France
- Lieu : 1228 chemin de l'hobit 31 790 Saint-Sauveur
- Responsable de Stage : Cédric Muller
- Durée : 6 mois
- Dates de début de stage : Février 2021
- Date de diffusion : Novembre 2020
- Date de clôture des candidatures : 15 Décembre 2020
- indemnités de stage

Contact:
cedric.muller@syngenta.com

Equipe adhérente personne morale SFBI
Equipe Non adhérente