Ingénieur.e d'études pour l'analyse de données d'imagerie et de cytométrie

Type de poste
Niveau d'étude minimal
Dates
Durée du poste
Contrat renouvelable
Contrat renouvelable
Date de prise de fonction
Date de fin de validité de l'annonce
Localisation
Nom de la structure d'accueil
Adresse

8 quai Moncousu
44000 Nantes
France

Contacts
Emmanuel Scotet
Perrine Paul-Gilloteaux
Nicolas Jouand
Email du/des contacts
contact.labexigo@univ-nantes.fr
Description

MISSIONS

L’ingénieur-e d’études en bioinformatique conduira l’analyse de jeux de données massives et en haute dimension générées en imagerie et cytométrie multiparamétriques dans le cadre du programme LabEx IGO (laboratoire d’excellence Immunotherapy Graft Oncology) (http://www.labexigo.univ-nantes.fr/).

ENVIRONNEMENT ET CONTEXTE DE TRAVAIL

Le LabEx IGO a été labellisé en 2012 dans le cadre des Programmes d’Investissements d'Avenir (PIA) et bénéficie d’un financement de l’ANR jusqu’en 2024. Le LabEx IGO a pour objectif de favoriser les projets transdisciplinaires entre des équipes aux expertises complémentaires en transplantation et immunologie tumorale, auto-immunité, inflammation et radio-immunothérapie, ceci afin de développer de nouvelles immunothérapies. Le LabEx IGO rassemble environ 400 personnes (scientifiques, étudiants, personnels techniques) issues de 15 équipes de recherche réparties dans 4 unités de recherche académique (CRCINA-UMR1232, CRTI-UMR1064, MICMAC-UMR1236, LBAI-UMR1227) du Grand Ouest français (Nantes, Angers, Rennes, Brest).

L’ingénieur-e d’études travaillera en lien direct avec une ou plusieurs équipes du LabEx IGO. Sa mission principale sera d’assurer l’analyse de plusieurs jeux de données massives générés par différentes approches à haut débit : cytométrie à haute dimension (BD FACS Symphony A5) et imagerie multiparamétrique (Codex). Pour ce faire, il/elle aura la charge d’explorer diverses méthodologies et approches d’analyse par des procédures de benchmarking. Il/elle aura la charge de définir, mettre en place, exécuter et automatiser des outils et pipelines d’analyses appropriés, en accord avec les besoins propres à chaque projet de recherche. Il/elle assurera la maintenance et la mise à jour des algorithmes et des scripts. Il/elle sera également amené-e à collaborer avec le personnel des plateformes GenoBiRD (bio-informatique), Cytocell (cytométrie) et MicroPICell (imagerie) pour les questions relatives aux équipements d’acquisition de données de haute technologie. En fonction de l’expérience du ou de la candidat-e retenu-e, il/elle encadrera, en étroite collaboration avec une ou plusieurs équipes de recherche, des étudiants en stage dans l’analyse de données générées en imagerie et cytométrie multiparamétriques.

L’ingénieur-e d’études sera rattaché-e au CRCINA-UMR1232 à Nantes (http://www.crcina.org/) sous l’autorité hiérarchique de Emmanuel Scotet (directeur de l’équipe 1 du CRCINA-UMR1232, responsable scientifique et technique du LabEx IGO) et l’autorité fonctionnelle de Perrine Paul-Gilloteaux (responsable scientifique de la plateforme MicroPICell) et Nicolas Jouand (responsable technique de la plateforme Cytocell).

[CONTRAINTES PARTICULIÈRES]

Travail sur ordinateur

ACTIVITES PRINCIPALES

•Accompagner dans la mise en place et optimiser les procédures de recueil et de contrôle des données encollaboration avec le personnel en charge de la préparation des échantillons, de l’acquisition et/ou de l’entretien des équipements
•Réaliser l’exploration, l’analyse et le traitement des données à haute dimension des équipements d’acquisition de données d’imagerie photonique et de cytométrie en flux multiparamétriques, au travers de la mise en place de pipelines
•Mettre en place et organiser la mise en forme et le stockage des données/résultats à court-moyen terme
•Diffuser et valoriser des résultats sous forme de rapports techniques ou d'études à l’usage des porteurs de projets
•Adapter les applications informatiques aux besoins des projets
•Gérer et maintenir à jour des outils informatiques et pipelines d’analyse partagés, à l’aide d’outils de suivi des versions notamment
•Conseiller et former aux techniques et outils développés
•Selon degré d’autonomie de l’ingénieur-e retenu-e : Encadrer et former des étudiants stagiaires de master 2
•Assurer une veille scientifique et technologique dans son domaine d'activité ; participer à des réseaux professionnels

PROFIL RECHERCHÉ

•Type de recrutement : catégorie A, contractuel de l’Université de Nantes, 1 an renouvelable
•Rémunération : selon la charte de gestion des contractuels de l’Université de Nantes pour les non titulaires.
•Formation :Bac + 5 minimum en bioinformatique
•Expériences antérieures bienvenues pour occuper le poste : expérience souhaitée de 2 ans minimum en analyse de données non-supervisées de données de cytométrie en flux et/ou en analyse d’images en immunologie, une expérience d’encadrement de stagiaires est un plus

[COMPETENCES ET CONNAISSANCES REQUISES]

Savoirs généraux, théoriques ou disciplinaires :

• Expertise en analyse de données hautement multivariées et multiparamétriques générées en cytométrie en flux et/ou en imagerie : format de données associées, machine learning, outils statistiques d'analyse "classiques", classification supervisée et non supervisée, outils de visualisation adaptés
• Connaissances fondamentales en immunologie, en cancérologie et transplantation
• Connaissances en imagerie photonique et en cytométrie en flux
• Maîtrise de l'anglais technique du domaine, pouvoir dialoguer en anglais avec des chercheurs étrangers

Savoir-faire opérationnels :

• Expertise en exploration et analyse de données en haute dimension
• Maîtrise de langage de programmation (R, Python), d’algorithmes de machine learning, de procédures de benchmarking
• Hébergement de projet, pipeline d’analyse et de code informatique (GitHub, GitLab, rédaction des méthodes bioinformatiques utilisées en vue de publications scientifiques, reproductibilité des analyses)

Savoir-être :

• Avoir le sens du travail en équipe et un bon relationnel
• Avoir le sens du service et de l'écoute des scientifiques
• Être rigoureux et autonome
• Savoir organiser et hiérarchiser les priorités

. Date limite de réception des candidatures : 22 novembre 2020
. Date de la commission de recrutement : 8 décembre 2020
. Date de prise de fonction souhaitée : janvier 2021
. Contact : merci d’adresser votre candidature (CV + lettre de motivation) exclusivement par mail à : contact.labexigo@univ-nantes.fr

Equipe adhérente personne morale SFBI
Equipe Non adhérente