Comparaison de la diversité génomique et adaptation à l’environnement

Type de poste
Niveau d'étude minimal
Dates
Durée du poste
Contrat renouvelable
Contrat non renouvelable
Date de prise de fonction
Date de fin de validité de l'annonce
Localisation
Adresse

1 rue du professeur Calmette
59000 LILLE
France

Contacts
Gael Even
Email du/des contacts
g.even@genesdiffusion.com
Description

Sujet de stage :

Comparaison de la diversité génomique et adaptation à l’environnement

Mots clés :

Bioinformatique, génomique, construction d'haplotypes, impact de l’environnement, animaux de rente

Résumé :

GDBiotech est une spin-off du groupe Gènes Diffusion (130 M€ CA ; 800 pers.), acteur majeur de la sélection génétique et de la reproduction animale en France. GDBiotech héberge un portefeuille de technologies et brevets trouvant des applications dans des domaines aussi variés que les solutions de diagnostic moléculaires (qPCR) et immunologiques (ELISA multiplexe pour le coronavirus porcin et humain), l’étude du microbiote (humain et animal) et le développement d’outils bioinformatique pour l’automatisation des analyses de séquences d’ADN (génotypages et séquençages).
La société est basée dans les Hauts-de-France et une partie de la R&D est basée sur le site de l’Institut Pasteur de Lille et le parc Eurasanté (Loos).

Objectif du stage

Dans la cadre de ses activités bioinformatiques en génomique, GDBIOTECH souhaite développer des nouveaux outils bioinformatiques permettant d’explorer la diversité génomique d’animaux de rentes dans un environnement singulier, avec le but final de proposer de nouvelles méthodes pour déterminer quel animal est le mieux adapté à cet environnement..

Lieu du poste

Le stage sera encadré par le service bioinformatique et sera basé dans les locaux de l’Institut Pasteur de Lille.

Missions du stage :

La mission principale du stage réside dans le développement d’une solution bioinformatique dont les principales étapes consisteront à explorer et appliquer des solutions de phasages et de constructions d’haplotypes (en construisant des k-mers de différentes tailles par exemple), de les confronter à un phénotype d'intérêt pour inférer les résultats sur une autre population. Il s’agira également de comparer les résultats de cette solution innovante avec d’autres solutions, plus classiques, développées par l’équipe bioinformatique de GDBIOTECH.
A chaque étape, une travail de bibliographie, de paramétrage fin et de rédaction de documentation seront nécessaires pour assurer la bonne marche du projet.

Profil du candidat

Nous recherchons un candidat au profil bioinformatique, ayant des compétences en analyse de séquences, en programmation (Python, R, shell…), un minimum de bagages en statistique et une maîtrise de l’environnement Unix/Linux.
Le candidat devra montrer une certaine ouverture d’esprit pour travailler dans un environnement multidisciplinaire à la frontière entre biotechnologie et élevage.

Le stage est prévu pour une durée de 5 à 6 mois.

Les dates indiquées dans cette annonce sont indicatives et peuvent être adaptées aux contraintes du candidat.

La gratification de base proposée est d’environ 575 €/mois

Contacts

Gaël Even
Responsable Bioinformatique
g.even@genesdiffusion.com

Equipe adhérente personne morale SFBI
Equipe Non adhérente